Корабли помпеянцев шли плотной группой и не всегда могли воспользоваться своей быстроходностью и поворотливостью, чтобы нанести таранный удар, между тем как использование противником harpax оказалось довольно эффективным, тем более что у помпеянцев не было пик с кривыми ножами на конце, при помощи которых можно было бы перерезать канаты у заднего кольца нового метательного средства. Помимо harpax воины Агриппы, пожалуй, впервые активно использовали в бою зажигательные копья и стрелы, обмотанные паклей и пропитанные дегтем. Так что абордажный рукопашный бой и навесная стрельба зажигательными снарядами на этот раз решили участь сражения. Пираты и рабы флотилии Помпея сражались самоотверженно, но благодаря численному и техническому превосходству кораблей противника были полностью разбиты.
Агриппа приказал своему левому крылу, которое в сторону открытого моря выдавалось за неприятельскую линию, атаковать помпеянцев во фланг и охватить его. Вероятно, он использовал для этого и часть судов своей второй линии. Помпеянцы оказались атакованными и с тыла, почти окружены и прижаты к берегу.
Только 17 кораблям помпеянцев удалось бежать в Мессану; 28 кораблей были пущены ко дну, многие сожжены, остальные сели на мель и были захвачены. Аполлофан с исправными кораблями сдался Агриппе, а Демохар покончил с собой. Эскадра Агриппы потеряла будто бы только 3 корабля, пробитых таранами. Помпей наблюдал за битвой с берега и бежал в Мессану, где была главная база его флота, а оттуда с небольшой свитой направился в Малую Азии. Там он погиб год спустя. Его сухопутные отряды перешли на сторону Октавиана.
Для того чтобы получить поддержку римских рабовладельцев, Октавиан беспощадно расправился с беглыми рабами, пополнившими в свое время экипажи кораблей и отряды Секста Помпея. Соглашением 39 года н. э. предусматривалось, что находившиеся в войсках и на кораблях Секста Помпея беглые рабы получают прощение и свободу. Когда Октавиан привлекал на свою сторону солдат и матросов Секста Помпея, то обещал им, что они будут служить в его легионах и на кораблях. Но он обманул их. Воины Секста Помпея были размещены по различным областям. Затем были разосланы приказы, которые все военачальники должны были вскрыть в один и тот же день. В этих приказах Октавиан потребовал отправить всех беглых рабов в Рим для возвращения их прежним хозяевам. По словам самого Октавиана, он вернул 30 тысяч рабов их владельцам для надлежащего наказания. Так как многих хозяев трудно было разыскать, эти «бесхозные» рабы в количестве нескольких тысяч человек были убиты.
