Оборонительные сооружения мангупской цитадели продолжали служить и новым хозяевам. В ее донжоне и отдельных пещерах, превращенных ими в казематы, содержались особо важные узники и пленные.
К названию города, которое во второй половине XV в. распространялось на все княжество, турки прибавили слово «Кале»: Мангуп-Кале — значит "Мангупская крепость". Первоначальное же или, точнее, более раннее имя города — Феодоро — надолго кануло в безвестность.
С укреплением власти турок в Крыму значение Мангупа как крепости постепенно убывает, его оборонительные сооружения, ремонтируемые все реже, ветшают. В хорошем состоянии, и то недолго, поддерживаются лишь некоторые жилые помещения и боевые казематы цитадели.
Дважды, в 1493 г. и сто лет спустя, в 1592 или 1593 г., Мангуп горел, причем оба раза пожаром была охвачена большая часть города. Следы огня еще и сейчас видны кое-где на сильно поврежденных стенах крепости. И все-таки в 1578 г. Мартин Броневский, польский посол к хану Мухаммед-Гирею II, в своих путевых записках отмечает, что на Мангупе два замка, построенных на обширной и высокой скале, великолепные греческие церкви, дома. Но тут же не без грусти добавляет: "…о владетелях и народах, населявших эти города и величайшие замки, нет уже никаких летописей…">43
Шли годы. Мангупское городище превращалось в забытый памятник истории. Французский инженер Боплан побывал здесь около 1660 г. и отозвался о нем уже как о незначительном местечке. На картах Крыма XVII- начала XVIII в. в числе немногих крымских городов Мангуп еще показан. Но со второй половины XVIII в. память о нем глуха.
Мангуп почти опустел, когда по Кучук-Кайнарджийскому мирному договору (1774 г.), заключенному после русских побед над турками, все христианское население полуострова было вынуждено, как говорится, "в принудительно-добровольном порядке" покинуть Крым. Город лишился последнего присмотра и быстро превращался в руины. Видимо, поэтому сюда, по распоряжению татарских властей, переселилось несколько десятков караимских семейств, издавна живших в Табана-Дере.
С окончательным утверждением в Крыму русской власти (1783 г.) Мангуп приходит в полное запустение. Оказавшись в стороне от новых проезжих дорог, он долго почти ни кем не посещался.
Поселения хлебопашцев и виноградарей, хижины рыбаков и скотоводов Феодоро существовали и после того, как сгинуло княжество и быльем поросла память о его столице. Многие села современного Крыма ведут свое начало от средневековых.
