После этого Нуху пришлось усмирять восставшего против него Абуали Чагони, которого он в конце концов был вынужден назначить правителем Чаганиана, а потом и всего Хорасана.
Во время правления Абд ал-Мелика, сына Нуха, усилилось влияние военачальников тюркской армии, в руки которых перешло управление государством. Особенно выдвинулся начальник тюркской гвардии и крупный землевладелец Алп-Тегин. Его влияние было настолько велико, что без согласия Алп-Тегина Абд ал-Мелик не мог даже назначить везиря.
После смерти Абд ал-Мелика Алп-Тегин возвел на престол его малолетнего сына Абдулмалика Насра III, царствование которого длилось один день, т. к. другие военачальники возвели на трон Мансура ибн Нуха. После нескольких сражений с саманидскими войсками Алп-Тегин захватил власть в Газне, восстановить же свою власть в Газне Мансур ибн Нух смог только после смерти Алп-Тегина. Нух II, сын Мансура ибн Нуха, в начале своего правления был вынужден обратиться за помощью к правителю Газны Сабук-Тегину, чтобы подавить восстания в районе Балха и в Хорасане. Сабук-Тегин охотно выполнил его просьбу и разгромил войска восставших. За это он получил титул «защитника религии и государства», а его сын, также отличившийся в боях с мятежниками, получил титул «меча государства» и был назначен наместником Хорасана. Со временем придворные распри и усобицы еще более усилились, страна ослабла настолько, что даже слабый противник мог ее захватить. В 992 году государство Саманидов подверглось первому нападению тюркских кочевников во главе с ханами из племени ягма, так называемыми Караханидами.
Двадцать лет спустя некоторые правители саманидского государства вновь восстали, а караханидские тюрки попытались захватить территорию всей страны. Но и на этот раз с помощью Сабук-Тегина Нуху II удалось победить восставших и предотвратить нападение Караханидов.
Спустя год умерли Нух II и Сабук-Тегин. Правители Нишапура Бектузун и Фоик, войдя в сговор с Караханидами, ослепили Мансура бин Нуха, сына Нуха II. Вскоре после этого он умер. Тогда Бектузун и Фоик настояли на том, чтобы правителем стал брат Мансура Абдулмалик бин Нух.
Под предлогом мести за Мансура бин Нуха против Абдулмалика выступил сын Себук-Тегина Махмуд. Вскоре он вынудил эмира отдать ему северную часть нынешнего Афганистана, а потом он овладел и всем Хорасаном.
Под властью Абдулмалика остался только Маверранахр, но и его отняли у Саманидов Караханиды в 999 году. Караханидский хан Наср Илекхан захватил Бухару, а эмира и всех членов его семьи заключил в темницу.
