В последующие три года Карл бил саксов в сражениях и рейдах, уничтожал селения и фермы непокорных, многих брал в заложники и увозил из страны. Обескровленное войско Видукинда уже не могло оказывать достойного сопротивления, и тогда вождь восставших приехал к королю, запросил пощады и крестился.
После этого война была окончена, хотя еще и оставались небольшие очаги сопротивления. 787 год для Карла ознаменовался полным покорением Италии, и король обратил свой взор на Баварию. Окружив эту страну с трех сторон, он вынудил местного герцога Тассилона принести клятву верности, а спустя год вообще заставил его постричься в монахи.
В 789 году, захватив земли славянского племени лютичей (вильцев), Карл начал большую и трудную войну против аваров, в течение многих столетий наводивших ужас на всю Восточную Европу.
Армия Карла преследовала аваров до впадения реки Раб в Дунай, а затем повернула домой, нагруженная большой добычей. Против аваров пошел войной хорутанский князь Войномир, захвативший их укрепленный лагерь — ринг. Добил некогда страшное племя сын Карла Пипин, разрушивший ринг до основания. В то же время Карл вместе с сыновьями усмирял вновь восставшую Саксонию. Неоднократно с огнем и мечом пройдя эту страну, он устроил переселение народов: многих саксов увез во Францию, а франками населил Саксонию Саксонская война закончилась в 804 году.
В 800 году Карл посетил Рим, где разбирал споры между папой Львом III и местной знатью. В Рождественский день папа вдруг приблизился к нему и возложил ему на голову императорскую корону. Это не было неожиданностью для Карла, но он сделал вид, что недоволен поступком папы.
Императорский титул вызвал ненависть у византийских императоров, но в конце концов они признали императорскую власть Карла.
В 808 году на саксонскую область Нордальбингию напали датчане, против которых Карл послал своего сына Карла Карл изгнал захватчиков и построил несколько крепостей на границе, положив начало Датской прифаничной марке. Кроме того, для обороны от норманнских набегов он приказал построить корабли на реках Галлии и Северной Германии.
При жизни Карла это была последняя большая война. За сорок лет правления Карл увеличил размеры своей страны почти вдвое.
Карл Великий умер 28 января 814 года от лихорадки, осложненной плевритом, предварительно заставив надеть императорскую корону единственного оставшегося в живых сына Людовика, с трех лет — короля Аквитанского.
