Эта изощренная, отвлеченная, тяготеющая к монотеизму теогония не вступала у Пифагора в противоречие с общепринятой. Рассуждая о божественной Единице, он вместе с тем требовал уважения к богам традиционной греческой религии. Однако они не были для него высшими существами, а только олицетворяли ту или иную сторону мироздания. Своим ученикам он говорил, что боги, различные с виду и по именам, в сущности, одни и те же у всех народов, потому что они соответствуют тем разумным силам, которые действуют во всей Вселенной. Более того, он говорил о целой иерархии превышающих человека существ, называемых героями и полубогами, которые служат посредниками между человеком и Божеством, и учил, что как раз через них, проявляя героические качества, человек может приблизиться к Богу. Что касается этого Верховного Божества, то Пифагор представлял его как некое огненное Единство, пребывающее в самом средоточии космоса. Впитывая потоки пустоты, окружающей Центр, это пламенное Целое образует множественность миров, состояний и качеств. (По словам Аристотеля, он учил, что в центре Вселенной находится огонь, вокруг которого вращаются в определенном порядке десять сфер: сфера неподвижных звезд, сферы Земли, Сатурна, Юпитера, Марса, Венеры, Меркурия, Солнца, Луны и еще одного невидимого тела — Противоземли При движении каждая из сфер издает особый звук, соответствующий ее величине и скорости. Последняя определялась различными состояниями, находившимися в гармоническом отношении друг к другу, вследствие чего возникает гармонический мировой хор).
Большой заслугой Пифагора следует считать подробно разработанное им учение о душе, воспринятое потом и другими греческими философами. Душа, говорил он, есть отщепившаяся частичка божественного эфира; она разделяется на три части: ум, рассудок и страсть. Ум и страсть есть и у других животных, но рассудок — только у человека. Власть души распространяется от сердца и до мозга, та часть ее, которая в сердце, — эго страсть, а которая в мозге — рассудок и ум; струи же от них — наши чувства. После смерти человека его душа скитается в воздухе, подобная телу Попечителем над душами является Гермес, который чистые души возводит ввысь, а нечистые ввергает в преисподнюю. Пробыв там определенное время, душа вновь ввергается в материальный мир и заключается в тело человека или животного. Таким образом, вслед за орфиками (или одновременно с ними) Пифагор проповедовал учение о переселении душ. О себе он говорил, что помнит все свои прежние рождения, и многим из тех, кто приходил к нему, рассказывал о их прошлой жизни. (Вспоминал он и об Аиде, и между прочим рассказывал о том, как казнятся там Гесиод и Гомер за то, что распространяли лживые россказни о богах. Душа Гесиода, говорил он, стонет, прикованная к медному столбу, а душа Гомера подвешена на дереве среди змей.)
