Но главное горе ожидало Стэнли впереди. Дойдя до Альберта, Стэнли узнал, что Эмин в плену у собственных взбунтовавшихся войск. Стэнли был в отчаянии. Вся его двухлетняя экспедиция, все труды и лишения, гибель половины экспедиционного отряда — все это оказывалось напрасным, и он опоздал со своей помощью, подобно тому, как опоздали английские войска с помощью Гордону. Стэнли не знал, на что ему решиться, но в это время дальнейшие события в Экваториальной провинции привели дело к развязке.
Когда Эмин сообщил своим египетским офицерам сведения, принесенные Стэнли, о гибели Хартума и оставлении египетским правительством Судана и предложил обсудить вопрос о возвращении на родину через Занзибар при помощи Стэнли, египтяне отказались верить тому, что им уже нельзя ждать помощи с севера, а возвратного пути помимо Нила они и представить себе не могли. Появление Стэнли и его предложение показались им в высшей степени подозрительными. И вот они распустили слух среди солдат-мусульман, что их хотят обмануть и увезти в Англию, где обратят в рабов. Кучка заговорщиков неожиданно напала на Эмина и оставленного при нем офицера из отряда Стэнли и арестовала их. Когда об этом узнали другие отряды войск Эмина, они готовы были силою выручить любимого пашу. Но в это время в Экваториальную провинцию ворвались магдисты. Первая крепость, занятая войсками Эмина, была взята ими и гарнизон истреблен. При осаде второй крепости магдисты потерпели, однако, поражение и отступили на север провинции — в ожидании спешивших к ним подкреплений. Тогда войско Эмина потребовало немедленного освобождения своего вождя, и мятежники должны были подчиниться этому требованию. Эмин и после этого хотел остаться, разделяя участь провинции. Стэнли стоило много труда уговорить его покинуть область, гибель которой была несомненна. Наконец во второй половине апреля 1889 года Эмин с шестьюстами человек из его войска и семейств офицеров, пожелавших оставить провинцию, двинулся в путь с отрядом Стэнли. К отряду присоединились еще 350 носильщиков из жителей области, лежащей при Альберте. Таким образом, весь отряд состоял из полутора тысяч человек.
Обратный путь Стэнли направил к Занзибару. Чтобы избежать враждебных европейцам государств Униоро и Уганда, он повел свой отряд в обход, тянувшийся две тысячи верст по местности, заселенной недружелюбными туземцами и во многих местах пустынной. Это был путь не менее тяжелый, нежели путь по Арувими, и недаром западноевропейские авторы, описывающие это отступление Стэнли с полутора тысячами человек, сравнивают его со знаменитым отступлением Ксенофонта. Достаточно сказать, что путь от Альберта до занзибарского берега тянулся 8 месяцев и что из 1500 человек, выступивших от озера, до Багамайо дошли только 700.
