В январе тысяча девятьсот девяносто второго года Указом Президента России был поднят статус Государственной комиссии, которая отныне называлась Государственная техническая комиссия при Президенте страны. Руководитель Комиссии подчинялся непосредственно Президенту и считался одним из руководителей спецслужб страны.
Особо оговаривалось, что решения Государственной комиссии являются обязательными для исполнения всеми органами государственного управления, предприятиями, организациями и учреждениями по всей территории страны и за рубежом независимо от их организационной, правовой, экономической формы собственности, которые по роду своей деятельности обладают информацией, составляющей государственную или служебную тайну.
24 июня 1999 года при Гостехкомиссии образовано Главное научно-техническое управление, занимающееся разработками новых видов технического обеспечения безопасности промышленных объектов, правительственных и научных учреждений страны. В настоящее время специалистов для Гостехкомиссии готовят в Военной инженерно-космической академии им А. Можайского, Военном институте радиоэлектроники, Межотраслевом специальном центре при Минатоме России, Главном научно-методическом центре Миноборонпрома России. А также по необходимости привлекаются специалисты из ведущих институтов и университетов Москвы и Санкт-Петербурга.
В состав коллегии Гостехкомиссии входят по должности заместители министров и руководителей спецслужб, в том числе заместители руководителей ФСО, ФСБ, СВР, ФАПСИ, юстиции, внутренних дел, иностранных дел, экономики, Минатома, МЧС и других центральных ведомств. Кроме того, в состав коллегии входят начальник Главного оперативного управления Генерального штаба Вооруженных сил Российской Федерации — первый заместитель начальника Генерального штаба Вооруженных сил России, а также начальник вооружения Вооруженных сил Российской Федерации.
Государственная техническая комиссия является закрытым органом обеспечения государственной безопасности страны. Все публикации о ее деятельности запрещены. Любое упоминание о ней в материалах прессы запрещено. Любые ссылки на постановления Комиссии в открытой печати запрещены. Любой документ, поступивший из Комиссии, является совершенно секретным. Любая информация о работе Комиссии является государственной тайной. И вместе с тем согласно Указу Президента от тысяча девятьсот девяносто второго года, подтвержденного распоряжениями тысяча девятьсот девяносто девятого года и две тысячи шестого, Государственная техническая комиссия приравнена к федеральным органам исполнительной власти страны. А ее руководитель соответственно к членам Правительства Российской Федерации.
