В усилении королевской власти сыграли значительную роль Мельфий-ские конституции (1231) — свод законов Сицилийского королевства. Вся власть по этим конституциям сосредотачивалась в руках короля, управлявшего делами при помощи своих чиновников, назначаемых и сменяемых по его воле. Феодалы были лишены значительной части своего имущества и привилегий. Мельфийские конституции запрещали ношение оружия и ведение частных войн в государстве.
Благодаря своему богатству Фридрих II создал один из самых блестящих Дворов в Европе. В его великолепных замках непрерывно проходили праздники, рыцарские турниры, пиры с пением и музыкой. Но с другой стороны, проведение имперской политики, постоянные внешние войны, содержание наемного войска требовали от Фридриха колоссальных затрат. Поэтому во второй половине его правления налоговое бремя стало непосильным для его подданных. Все реже ему удавалось уладить конфликты дипломатическим путем.
В 1239 году Григорий IX снова отлучил императора от церкви, обвинив его в нарушении церковной свободы, обложении духовенства, вмешательстве в епископские выборы, захвате папских владений, в невыполнении обязательства по организации крестового похода и т. п.
Смерть Григория IX лишь на короткое время отсрочила дальнейшее обострение борьбы.
На соборе 1245 года в Лионе был обнародован декрет о лишении Фридриха престола ввиду того, что он клятвопреступник и еретик, совершил святотатство и вероломство. В Италии и Германии в среде духовенства против императора возникли заговоры, в которые сторонникам папы удалось вовлечь ближайших советников императора.
Провал этих заговоров побудил нового папу Иннокентия IV предложить духовным и светским князьям Германии избрать нового короля при жизни старого. Напуганные угрозами и соблазненные подарками, духовные и светские князья империи 22 мая 1246 года избрали королем Генриха Распе. Но в следующем году Распе умер, и прирейнские епископы избрали германским королем графа Вильгельма Голландского. В письмах к светским князьям папа объявлял избрание Вильгельма актом, продиктованным свыше, указанием божьего перста.
Подданные императора все чаще поднимали мятежи. В Германии многие могущественные князья объявили себя свободными от присяги. И снова была провозглашена анафема против всех сторонников Фридриха, опять было собрано «крестовое» войско, которое штурмом овладело Ахеном.
Но даже в этих условиях Фридрих II влиял на выборы епископов. В 1239–1250 годах, во время яростной борьбы с римской курией, епископы, аббаты и клирики, являвшиеся сторонниками папы, арестовывались или изгонялись из королевства; был создан епископат, полностью изолированный от Рима.
