В ноябре 1210 года папа отлучил Оттона от церкви и освободил его подданных от клятвы верности. С той же энергией, с которой он несколько лет назад защищал Оттона, теперь создавал коалицию против него.
Свидетельством дипломатической гибкости и неутомимости Иннокентия III может служить его огромная переписка. Она характеризует папу как изворотливейшего политика, который не брезговал никакими средствами в дипломатической деятельности, лишь бы добиться своего. Запугивая небесными и земными карами одних, внушая обманчивые надежды другим, вступая в тайные соглашения с третьими, он прокладывал дорогу к установлению верховенства папства не только в Германской империи.
Иннокентий III добросовестно исполнял свои обязанности опекуна над Фридрихом. Он боролся с Марквальдом Анвейлером, который, пробравшись на юг, пытался провозгласить себя королем Сицилии; позднее не позволил уже Оттону отнять владения у Фридриха.
В сентябре 1211 года король Богемский, герцоги Австрийский и Баварский, ландграф Тюрингский и другие князья, собравшись в Нюренберге, избрали Фридриха императором Германии Иннокентий утвердил этот выбор, хотя раньше выступал против того, чтобы Сицилия и Германия оказались в одних руках. Однако вызывающее поведение Оттона заставило его забыть о непосредственном интересе святого престола.
В марте 1212 года Фридрих прибыл в Рим; он присягнул на верность Иннокентию III за Сицилийское королевство. Затем 9 декабря 1212 года он принял корону Германии.
Однако Иннокентию все-таки удалось обезопасить папский престол, получив от Фридриха ленную присягу в отношении Сицилии. Фридриху пришлось также уступить папству и ряд привилегий в нарушение Вормсского конкордата. Отныне папа мог заявить, что в Германии избрание епископов происходит «исключительно свободно», то есть без вмешательства светской власти. Между тем епископы представляли в Германии огромную силу: они были не менее могущественными, чем самые сильные князья. На их землях в Майнце, Кельне, Трире, Зальцбурге, Вюрцбурге сидели сотни и тысячи вассалов и сотни тысяч крепостных и зависимых крестьян. В те времена земля «служила», и в распоряжение духовных князей поступали материальные средства и военные силы. Обширнейшие архиепископские и монастырские земли выпадали из-под власти императора и в военном смысле, и в финансовом. Поэтому предоставление папе права назначения духовных князей равносильно было подрыву императорской мощи и созданию грозной опасности внутри империи со стороны зависимых от папы прелатов церкви.
