Подобно большинству политиков своего времени он был убежден в необходимости подчинить христианский мир папской власти. «Королевская власть, — пишет Иннокентий III, — подчинена папской. Первая властвует только на земле и над телами, вторая — на небе и над душами. Власть королей простирается только на отдельные области, власть Петра охватывает все царства, ибо он — представитель Того, Кому принадлежит вселенная». В другом месте он выражается еще яснее: «Господь предоставил Петру власть не только над вселенской церковью, но и над всем миром». По его мнению, «свобода церкви» обеспечена лишь там, где «Римская церковь пользуется неограниченной властью как в духовных, так и в светских делах».
Итак, главной задачей Иннокентия III, как и у Григория VII, стало укрепление папской власти.
В феврале 1198 года, то есть через месяц после избрания, Иннокентий III взял с префекта клятву верности и дал ему инвеституру. В том же году он подчинил себе коммуну, во главе которой стоял «высший сенатор». Папа добился права назначать магистра. Муниципалитет был сохранен, но теперь подчинялся верховной власти папы.
Иннокентий обратился с посланием к ряду итальянских коммун и областей, в котором говорилось о «зверской» («германской») расе, стремившейся к господству над Италией. Особенно подробно папа описывал зверства Генриха VI в Сицилии, где, как он утверждал, нет ни одной семьи, которая «не стала бы жертвой этого тирана». Желая показать, до каких жестокостей доходил этот император, папа собрал в Рим тех сицилийцев и северян-итальянцев, у которых по распоряжению Генриха были выколоты глаза и отрезаны уши. Вид несчастных должен был отбить желание у итальянцев вернуться под покровительство Священной Римской империи. Это Иннокентию III удалось.
Однако итальянские города-коммуны отвергали не только императорскую власть, но и папскую. Иннокентий подвел это движение под категорию ереси, опасной для католической веры. Ряду городов была объявлена война, и если она не приняла в Италии широкого размаха, то лишь потому, что папа опасался, как бы эти города не обратились за помощью к императору.
Между тем Флоренция, Сиена, Лукка, Вольтерра, Ареццо, Прато и другие города еще в 1197 году образовали Лигу, дружественную папству и враждебную империи. Иннокентий одобрил ее; он вернул себе те домены, которые принадлежали в этих областях графине Матильде, организовал их администрацию и обеспечил их защиту.
После того как при помощи папы с юга Сицилии были изгнаны германцы, Констанция, вдова Генриха VI и наследница Сицилийского королевства, в ноябре 1198 года поручила Иннокентию III опеку над своим малолетним сыном Фридрихом. Чтобы обеспечить последнему сицилийскую корону, она от его имени отказалась от прав на Германию и Священную Римскую империю.
