Резкое снижение уровня преподавания и чрезвычайно низкая квалификация выпускников, обучавшихся в эти годы в МГУ, заставили отказаться от подобных планов реорганизации университета. На рубеже 1930—1940-х годов МГУ обрел структуру факультетов и кафедр, во многом сохранившуюся до наших дней. Университетская жизнь стала похожа на ту, что знакома нынешнему поколению студентов и преподавателей. Лекции вновь стали основной формой обучения, больше не было никаких коллективных «проработок», экзамены принимали у каждого студента индивидуально на сессиях, назначаемых раз в полугодие. Для каждого факультета были разработаны обязательные учебные планы, обучение длилось 4 года, из которых первые два посвящались общетеоретической подготовке. В 1940 году на дневных отделениях семи факультетов МГУ – механико-математическом, физическом, химическом, биологическом, географическом, геолого-почвенном и историческом училось около 5 000 студентов. Вырос престиж университетского образования, сложился блестящий профессорско-преподавательский состав. Звание профессора МГУ пользовалось большим уважением, труд ученых щедро вознаграждался. Но гораздо важнее было то, что власть осознала необходимость Московского университета, который для нее перестал быть «бельмом на глазу».
Военное положение
…Снег, тихо падавший с сумрачного октябрьского неба, засыпал стертые ступени старой мраморной лестницы Аудиторного корпуса, стеклянный купол которого снесло взрывом немецкой фугасной бомбы. Опустевшее здание с выбитыми окнами и дверями, сорванной крышей и изуродованным фасадом казалось оглушенным. Так выглядел университет осенью 1941 года.
Война нарушила размеренную жизнь главного вуза страны. Мирные дела пришлось позабыть, все, что могло помочь фронту, было мобилизовано и в Московском университете. Уже спустя неделю после начала войны с Германией его руководство скорректировало план научных исследований, отдав приоритет работам оборонной тематики. В первые же дни войны Московский университет проводил на фронт 2 000 человек. Краснопресненская дивизия народного ополчения во многом была укомплектована за счет добровольцев МГУ. Из аспирантов и студентов университета сформировали 975-й артиллерийский полк. 17 студенток МГУ после соответствующей подготовки были зачислены штурманами ночных бомбардировщиков в авиагруппу № 122. Одна из них, студентка механико-математического факультета Женя Руднева, писала с фронта своему учителю профессору С.Н. Блажко: «…Свою первую бомбу я обещала им за университет – ведь они его бомбили…» Со схожим настроением шли на фронт многие студенты и преподаватели МГУ.
