Суворов же, 29 сентября удостоверившись в поражении под Цюрихом, решил идти на соединение с оставшимися частями союзников. В результате русская армия начала отход из долины, а французы стали ее преследовать. 30 сентября произошло первое сражение в Муотенской долине, неудачное для последних. Раздосадованный таким исходом дела Массена решает следующей атакой руководить лично. Утром 1 октября, выдвинувшись к мосту и быстро восстановив его, республиканцы атаковали русские пикеты. Те, имея приказ не вступать в бой, стали отходить. Тем временем генерал А.Г. Розенберг, ожидавший такой поворот событий, выстроил свои боевые порядки в три линии. Увидев, что русские отступают, французы ринулись в преследование. В этот момент отступающие разошлись в стороны по флангам. И тут взору французов явилась неожиданная картина. Прямо перед ними открылся весь боевой порядок Розенберга. Французы, воодушевленные присутствием командующего, уверенно ринулись на позиции русских. Русские, сомкнув штыки, пошли в атаку. Молниеносными обходными маневрами они захватили три орудия и большое количество пленных. Окруженный французский арьергард был окончательно опрокинут и в полном беспорядке бросился к Шененгенскому мосту. Массена вынужден был отвести остатки своих войск к Швицу, который французам удалось удержать, хотя Второй Муотенский бой оказался для них очень тяжелым поражением. Сам же Массена едва не угодил в плен. В суматохе боя унтер-офицер Махотин стал пробиваться к вражескому генералу. Приблизившись вплотную, он, ухватившись за его эполет, попытался стащить Массену с коня. Подоспевший на помощь французский офицер сумел опрокинуть Махотина, но золотой генеральский эполет остался у него в руке. Этот факт позже подтвердил плененный главный адъютант Гюйо де Лакур.
Теперь, чтобы вырваться из окружения, Суворову нужно было пробиться к Гларусу и после этого идти на соединение с остатками армии Римского-Корсакова. Гларус русские взяли, но кратчайший путь для соединения Суворова и Римского-Корсакова французам удалось закрыть. Для выхода из окружения русским войскам необходимо было преодолеть еще один перевал — через гору Паникс высотой 2 407 метров. Этот переход оказался, пожалуй, самым тяжелым для армии Суворова. Для тех солдат и офицеров, которые пережили все его тяготы, он остался в памяти как самое ужасное испытание воли и физических сил. И тем не менее голодная и безмерно утомленная армия его преодолела. Первым, 6 октября, вышел авангард генерала М.А. Милорадовича. Внешний вид русского войска был плачевным — у большинства офицеров на сапогах не было подошв, мундиры солдат изорваны практически в клочья. 8 октября вся армия Суворова достигла города Кур, где уже стояла австрийская бригада Ауфенберга. Здесь австрийцам были переданы все пленные в количестве 1 418 человек.
