В поисках «золотой страны — Эльдорадо» испанцы Д. Ордас, П. Эредиа, Г. Кесада, С. Белалькасар и агенты германских банкиров Вельзеров и Эхингеров (А. Эхингер, Н. Федерман, Г. Хоэрмут, Ф. Хуттен), получившие в 1528 от Карла V патент на колонизацию южного берега Карибского моря, в 1529—46 открыли и пересекли во всех направлениях Северо-Западные Анды и Льянос-Оринско, проследили течение всех больших левых притоков Ориноко и Магдалены с Каукой. Г. Писарро в 1541—42 спустился по р. Напо на Амазонскую низменность, а отделившийся от его отряда Ф. Орельяна в 1541 спустился вниз по Амазонке до моря, совершив первое пересечение Ю. А. В поисках серебра в бассейн Ла-Платы в 1527—48 С. Кабот, П. Мендоса, Х. Айолас, А. Кавеса де Вака, Д. Ирала открыли и исследовали несколько крупных рек системы Парана — Парагвай и пересекли Гран-Чако. Низовья притоков р. Амазонка были открыты португальской экспедицией П. Тейшейры — Б. Акошты 1637—39, поднявшейся от г. Пара до Экваториальных Анд и вернувшейся вниз по реке. Во 2-й половине 16 и в 17—18 вв. португальские метисы (мамилуки), соединяясь в отряды для охоты за индейцами-рабами, поисков золота и драгоценных камней, пересекали Бразильское плоскогорье во всех направлениях и проследили течение всех больших притоков средней и нижней Амазонки. Систему верхней Амазонки в 17 в. и в 1-й половине 18 в. исследовали главным образом миссионеры-иезуиты, в том числе чех П. С. Фриц.
Первыми учёными — исследователями Ю. А. были французские участники Экваториальной экспедиции по измерению дуги меридиана 1736—43 (руководители Ш. Кондамин и П. Бугер). В конце колониального периода проводились комплексные научные исследования бассейна Ла-Платы (испанец Ф. Асара) и бассейна р. Ориноко (немец А. Гумбольдт и француз Э. Бонплан). Точные очертания Ю. А. были установлены главным образом английской экспедицией 2-й четверти 19 в. (Ф. Кинг и Р. Фицрой).
В 19—20 вв. усилились исследования Бразильского плоскогорья и Амазонской низменности [немец В. Эшвеге (1811—1814), француз Э. Жоффруа Сент-Илер (1816—22), участники австро-баварской экспедиции 1817—20 К. Мартиус, И. Спикс, И. Поль, И. Наттерер; участники русской комплексной академической экспедиции 1822—28 Г. И. Лаигсдорфа; французская комплексная экспедиция Ф. Кастельно (1844—45), англичане А. Уоллес (1848—52), Г. Бейтс (1848—58), У. Чандлесс (1860—69), Дж. Уэлс (1868—84), немец К. Штейнен (1884 и 1887—88) и француз А. Кудро (1895—98)].
