Исследовательскими центрами в Хорватии были Загребский университет и Музей природоведения. В 1867 учреждена Юго-славянская академия наук и искусств. Одним из основоположников науки в Хорватии стал Л. Вукотинович, издавший совместно с И. К. Шлоссером фундаментальный труд о местной флоре (1869). С музеем связаны региональные ботанические исследования Л. Росси, Д. Хирца, труды С. Брусины (по ряду отраслей зоологии), А. Лайтхофера и Н. Далеина (энтомология), К. Бабича (фауна Адриатики). В университете, благодаря деятельности Дж. Пилара и Д. Горьяновича-Крамбергера (открыл остатки крапинского пещерного человека), сформировалась школа геологов и палеонтологов: Ф. Кох (известен, в частности, работами по геологии Славонии), Ф. Шукле, И. Поляк. Профессор университета А. Мохоровичич открыл поверхность раздела между земной корой и мантией, внёс значительный вклад в организацию сейсмической и метеорологической служб. Усилиями П. Матковича начаты исследования по физической географии. В университете начались исследования и по физиологии (В. Воук). Здесь же работали математики В. Варичак (труды по неевклидовой геометрии и др., изучению теоретического наследия Бошковича), И. Майцен (проективная и аналитическая геометрия) и др. Астрономические наблюдения вели И. Стожир (обсерватория при музее), С. Гопчевич (обсерватория в Мали-Лошине).
Для становления науки в Словении важное значение имела деятельность Музея природоведения (1831). Были проведены региональные географические исследования (С. Рутар, Я. Есенко и др.) и картографические работы (П. Козлер, Х. Фрейер). В 1852 учреждено Геологическое общество в Любляне. Геологические изыскания вели М. В. Липольд, М. Циленшек и др. Ф. Сейдл вёл исследования по климатологии. А. Паулин в конце 19 — начале 20 вв. впервые организовал издание эксиккат местной флоры. Распространению естественнонаучных знаний способствовал Ф. Эрьявец. В Боснии и Герцеговине важную роль сыграло создание Музея природоведения в Сараеве (1888), ведущим отделом которого был геологический. Здесь работал Ф. Катцер, автор многих трудов по региональной геологии, проблемам карста и др. Вокруг него сложился коллектив геологов-рудников: С. Турина, Т. Якшич и др. Ф. Балиф организовал в 70—80-х гг. метеослужбу. Вместе с тем условия развития науки часто были неблагоприятными. Многие учёные и изобретатели, уроженцы югославянских земель, — среди них изобретатель в области электротехники и радиотехники Н. Тесла — оказались вынужденными работать заграницей.
