Основное течение А. расположено между экватором и 5° южной широты, т.е. в наиболее обильной и равномерно увлажняемой области (осадков 1500—3000 мм в год). Главный исток — р. Мараньон берёт начало на восточных склонах Западной Кордильеры в Перу на высоте 4840 м над уровнем моря, течёт в горах параллельно берегу океана в глубокой впадине, затем поворачивает на В., прорывается через Анды, образуя 27 т. н. понго (скалистые глубокие узкие ущелья с почти отвесными стенами). После прорыва Мараньон выходит из гор в пределы Амазонской низменности и, сливаясь с подходящей справа р. Укаяли, даёт начало А. На всём остальном протяжении А. течёт по равнине, часто заболоченной, покрытой влажноэкваториальными лесами. Русло А. обрамлено низкими берегами, спускающимися к реке тремя широкими ступенями; верхняя ступень — терра фирма (terra firma), незатопляемый берег, образованный коренным склоном долины, высота до 50 м и более, ниже которого простирается пойма; средняя ступень — варзеа (varzea), часть поймы, затопляемая при больших разливах А.; нижняя ступень — игапо (igapo), или болото, покрывается водой при обычных разливах реки. Ниже впадения Риу-Негру ширина поймы достигает 80—100 км и лишь у гг. Обидус и Сантарен несколько сужается. Поверхность поймы изрезана руслами многочисленных рукавов и проток, испещрена озёрами, старицами. Вдоль берегов тянутся низкие прирусловые валы. В 350 км от океана А. образует дельту, одну из самых больших в мире (площадь около 100 тыс. км>2). Основная часть стока направляется по северо-восточным рукавам; часть вод А. проходит по восточному рукаву Пара; между ним и главными рукавами располагается один из самых больших в мире речных островов — Маражо.
А. питают многочисленные притоки, около 20 из них представляют собой большие реки, имеющие длину 1500—3500 км. Наиболее значительные притоки справа — Укаяли, Журуа, Пурус, Мадейра, Тапажос, Шингу, Токантинс (впадает в Пару), слева — Напо, Иса, Япура, Риу-Негру. Они быстро увеличивают водность А.: после слияния с Укаяли ширина реки около 2 км, в среднем течении до 5 км, в нижнем 15—20 км, перед устьем 80—150 км; глубина реки в среднем течении около 70 м, у г. Обидуса до 135 м, в устье 15—45 м. Притоки А. не только разнообразны по своим размерам и водоносности, но различаются также по цвету вод. Воды Риу-Негру в общей своей массе — тёмные, Риу-Бранку — молочного цвета. Есть реки с жёлтой, серой, зеленоватой и даже красноватой окраской воды. Кроме А., в мире нет больше реки с таким обилием цветных вод.
