Теме крещения Руси в «Синопсисе» уделено огромное внимание. Второй по объему тематический блок (22 главы) посвящен именно крещению Руси Владимиром I Святым. Особую роль играет 44 глава «О том, сколько раз Россы прежде Владимира даже до царства его крестились», в которой автор описывает пятикратное крещение славян и, следовательно, показывает историческую неизбежность принятия православия.
Последовательно и логично изложена в «Синопсисе» идея преемственности русской митрополии (Киев, Владимир, Москва) и учреждение в России патриаршества.
Переезд Киевского митрополита Максима в 1299 году во Владимир-на-Клязьме предстает под пером синоптика неизбежным следствием ослабления церкви после монголо-татарского нашествия (гл. 105)[11] .
Но, будучи представителем малороссийского духовенства, удаленного от центра развития русского православия, Иннокентий Гизель очень мало знает о церковной истории с 1299 (переезд митрополита Максима) по 1589 год (учреждение патриаршества). Упоминание в эпизодах – основной прием рассказа о православии в Великороссии.
Однако провинциальная ограниченность не помешала автору «Синопсиса», последовательно отстаивавшему антипольскую и антилитовскою линии, включить в повествование рассказ о церковных деятелях, боровшихся против разделения русской митрополии и униатства. Это митрополит Петр, избравший для своего пребывания не Галич, а Москву (гл. 85); митрополит Алексий, противостоявший Ольгерду в его попытках перенести русскую митрополию в Литву (гл. 108); Иона, который был поставлен в сан митрополита Собором русских иерархов после изгнания униата Исидора (гл. 108).
Установление патриаршества гармонично завершает в структуре «Синопсиса» тему возвышения русской православной идеи. Автор включил в текст сведения о столь волновавшей православную общественность проблеме – о месте российского патриарха и отдал ему желанную третью позицию (гл. 108). По мнению Иннокентия Гизеля, существует взаимосвязь между высоким статусом русской церкви и победами Русского государства. Он делает вывод о том, что царь, помазанный патриархом на благое дело защиты Малороссии от турок и татар, «конечное устремление поганых Агарян и нечестивых Измаильтян разрушил; Киев добрыми выше чаяния надеждами наполнил и весь православно-российский народ таковым действием веселием и желанною отрадою прохладил» (гл. 110).
Алексей Михайлович тем самым замыкает ряд «идеальных князей», то есть правителей, которые объединяют следование христианским ценностям и защиту интересов государства. В «Синопсисе» были упомянуты многие князья, отличавшиеся благочестием, строившие церкви и монастыри, отдававшие им часть своего имущества и т. д.
