В ротовой полости находится крупный, мускулистый язык, помогающий проталкивать пищу. Слюнных желез у крокодилов нет, да они им и не нужны, так как пищу они практически всегда поедают под водой. Желудок имеет толстые мышечные стенки, и в нем почти всегда у взрослых крокодилов находится более или менее значительное количество камней. Их функция довольно долго была не выяснена, предполагали даже, что крокодил в силу своего плохого зрения и отсутствия вкуса заглатывает булыжники вместо живой добычи. Но когда выяснилось, что и зрение, и осязание у хищников развиты достаточно хорошо, эта гипотеза отпала сама собой. Сейчас большинство ученых предполагают, что камни в желудке крокодила выполняют функцию терки и помогают измельчать пищу, поскольку крокодилы глотают куски мяса, не прожевывая. Хотя есть и другое предположение, что камни в желудке перемещают центр тяжести крокодила вперед и вниз, придавая большую устойчивость при плавании. Масса камней в желудке нильского крокодила может достигать 5 кг и составлять 1–2 % массы тела.
Легкие крокодилов имеют сложное строение и способны вместить большой запас воздуха. Своеобразен и необычен у крокодилов механизм вентиляции легких. Помимо характерных для большинства высших позвоночных (амниот) изменений объема грудной клетки движениями ребер, объем легких у крокодилов изменяется также при движении печени. Последняя смещается вперед (при повышении давления в легких, выдохе) сокращением поперечных брюшных мышц, а назад (при понижении давления в легких, вдохе) – продольными диафрагмальными мышцами, связывающими печень с тазом.
Как показано К. Гансоми и Б. Кларком, у крокодилов, находящихся в воде, основную роль в вентиляции легких играют именно движения печени. Такой необычный способ вентиляции не встречается больше ни у кого из животных.
В строении кровеносной системы крокодилов, по сравнению с другими пресмыкающимися, наблюдается ряд крупных эволюционных преобразований. По уровню развития в классе она самая совершенная и близка по строению к кровеносной системе птиц и млекопитающих. Левый и правый желудочки сердца полностью разделены, но при этом сохраняются обе дуги аорты. Левая дуга аорты переходит в чревную артерию, снабжающую кровью кишечник. Правая дуга аорты переходит в спинную аорту, несущую артериальную кровь к голове, мышцам тела и ко всем органам, нуждающимся в особенно богатой кислородом крови. В месте пересечения двух дуг аорты между ними имеется небольшое паницциево отверстие, через которое благодаря разнице кровяного давления в дугах артериальная кровь поступает из правой дуги в левую. Существенно различаются пути передачи крови во время дыхания в воде и на суше. При нырянии крокодила в сосудах легочного круга повышается сопротивление кровотоку, в результате чего венозная кровь из правого желудочка начинает поступать в левую дугу аорты. Когда же крокодил дышит атмосферным воздухом, венозная кровь из правого желудочка поступает только в легочную артерию.
