Череп у крокодилов тяжелый и прочный. Общей особенностью черепа является почти полное окостенение первичного хрящевого черепа и развитие большого числа кожных костей, формирующих крышу, бока и дно черепа. В затылочной области, сформированной 4 одноименными костями, характерно наличие только одного затылочного мыщелка, что облегчает движение головы в разных направлениях. Область слуховых капсул образована 3 парными ушными костями. В височной области имеется чешуйчатая кость – важное звено в системе, прикрепляющей нижнюю часть челюсти к мозговому отделу черепа. Крыша черепа составлена парными носовыми, предлобными, теменными и непарной межтеменной костями.
Дно черепа формируют парные нёбные, крыловидные и квадратные кости. Последняя пара сверху прикрепляется к чешуйчатым костям, а снизу с ней сочленяется нижняя челюсть, состоящая из 3 парных костей: зубных, угловых и сочленовных.
Развитость пятипалых конечностей, появление шейного отдела и вообще большая расчлененность тела – все это приводит к сложной дифференцировке мышечной системы. Подобная дифференцировка необходима крокодилам в первую очередь для лучшей координации движений, особенно во время охоты.
Нервная система крокодилов устроена заметно сложнее, чем у большинства современных рептилий. Полушария большого мозга относительно крупнее, они имеют кору из серого мозгового вещества. Однако последняя развита еще слабо, и большая часть переднего мозга состоит из полосатых тел, которые у крокодилов и являются высшим нервным центром. В связи со значительным развитием полушарий переднего мозга промежуточный мозг сверху почти не виден. Хорошо развиты теменной орган и эпифиз. Теменной орган своим строением напоминает глаз. В нем различают уплотненный прозрачный передний отдел, в известной мере подобный хрусталику, и бокалообразную заднюю часть, внутренняя стенка которой имеет чувствующие и пигментные клетки. Теменной орган помещается в отверстии межтеменной кости и весьма эффективно воспринимает световые раздражения. Мозжечок сильно развит, что связано со сложностью движения. Продолговатый мозг образует в вертикальной плоскости ясный изгиб, что характерно для всех высших позвоночных.
Высокое развитие нервной деятельности определяет возможности более сложного приспособительного поведения путем проявления врожденных рефлексов и инстинктов и формирования новых условных рефлексов.
Органы чувств у крокодилов хорошо развиты, но следует отметить, что изначально они были приспособлены для наземного образа жизни, поэтому некоторые органы чувств оказались подвергнуты вторичному упрощению. Механические раздражения воспринимаются так называемыми осязательными волосками, расположенными на чешуйках и связанными с осязательными пятнами – скоплениями чувствующих клеток, лежащими под эпидермисом. Полностью отсутствуют органы боковой линии, свойственные только водным низшим позвоночным.
