Основную часть рациона этого вида крокодилов составляет рыба. Любит полакомиться и водными черепахами, редко ловит мелких млекопитающих. Молодые крокодилы питаются насекомыми и мелкой рыбой. Ископаемые останки свидетельствуют о том, что кубинские крокодилы питались гигантскими слизнями, ныне вымершими, в результате чего у них и сформировалось особое строение зубов, которое в настоящее время помогает им с легкостью раскалывать прочные черепашьи панцири.
Кубинские крокодилы – отличные пловцы, хотя способны передвигаться по земле. Для них, как и для всех рептилий, важно поддерживать нужную температуру тела, поскольку они не способны вырабатывать тепло в процессе обмена веществ. Они проводят некоторое время на земле, греясь на солнце, или в теплых водах на отмели. Это происходит по утрам, когда они охлаждаются в прохладной воде, а после еды, когда обмен веществ повышает температуру тела, они должны остыть.
Крокодилы часто собираются в большие группы для охоты или кормления, отношения между ними поддерживаются в строгом соблюдении иерархии. Иерархия в группе устанавливается исходя из размера и темперамента животных.
Сезон размножения приурочен к сезону дождей. Он довольно затянут и, начавшись в мае, может длиться 3–4 месяца. В зависимости от состояния берега самка может построить гнездо или выкопать нору. В кладке обычно бывает 30–40 яиц, период инкубации сравнительно короткий, и крокодильчики вылупляются уже через 7–9 недель. Температура внутри гнезда определяет пол эмбрионов. Самцы вылупляются при температуре 30–32 °C, самки – при температуре выше или ниже. Взрослые самки тщательно охраняют гнездо и сопровождают детенышей к водоемам, где пестуют их в течение первого года жизни. Но все равно смертность среди молодняка очень высока, и только 1 % крокодилов достигает половозрелости.
Основная часть популяции сосредоточена на болоте Запата и составляет 3000–6000 животных, проживающих на площади 300 км>2 в юго-западной части болота. В 1950–60-х гг. получили распространение крокодиловые фермы, которые должны были удовлетворить потребность промышленности в крокодиловой коже. В это время было произведено много гибридов, которые впоследствии было решено изолировать от основной популяции.
Относится к исчезающим видам, внесен в Красную книгу IUCN. Численность популяции, которая проживает на болоте Запата, как уже говорилось, оценивается в 3000–6000 особей. Благодаря охранным мерам популяция постепенно восполняется.
