Питается индийский крокодил самой различной пищей, которую в состоянии поймать. В его рацион входят рыба, земноводные, ракообразные, птицы, млекопитающие, иногда обезьяны и белки. Молодые особи питаются наземными и водными беспозвоночными, мелкой рыбой. Взрослый крокодил в состояние справиться с крупными копытными и порой добывает оленей и быков.
Самцы достигают половой зрелости в возрасте 10 лет, самки – на 3–4 года раньше. Сезон размножения растянут, постройка гнезда приурочена к сезону засухи и проходит с декабря по февраль. Самки индийского крокодила избегают собираться в группы, и норы для откладки яиц роют на укромных песчаных отмелях, нередко используя одну и ту же нору в течение ряда лет. Кладка происходит в марте—апреле, чаще всего в ней 30 яиц, редко – более 40. В условиях неволи отмечалась повторная кладка, и тогда за год появляется 2 выводка детенышей. В природных условиях подобного ни разу не наблюдалось. Период инкубации сравнительно короткий, и обычно детеныши вылупляются из яиц уже к концу второго месяца. При температуре 32,5 °C вылупляются самцы, более высоких и низких температурах – самки. При температуре 28–31 °C рождаются только самки. Когда новорожденные появились на свет, мать, а иногда и отец (он исполняет эту обязанность в неволе) переносят их к водоему.
Молодые крокодильчики довольно большие и имеют среднюю длину 30 см. Они быстро собираются в группы под присмотром взрослой особи и вместе путешествуют по водоему весь первый год жизни. После этого группы распадаются, и молодые крокодилы покидают родной водоем, чтобы вернуться сюда через несколько лет уже повзрослевшими и готовыми к размножению.
Индийский крокодил относится к социальным животным. Животные часто общаются между собой, устанавливая ранговые отношения, охраняют свой участок. Крокодилы, как взрослые, так и молодые, общаются с себе подобными, издавая звуки. Наибольшая социальная активность проявляется во время сезона размножения. Самец потряхивает хвостом и поднимает голову, давая понять, что он охраняет свою территорию. Эти же признаки он проявляет при приближении самки, часто в это время со стороны болот доносятся грозные «крокодильи песни».
В индийской мифологии маггер занимает почетное место, являясь религиозным символом. Это не мешает активно использовать его органы в народной медицине, что привело к полному исчезновению некоторых природных популяций. Добывают крокодилов и из-за ценной кожи, массами гибнут они в рыболовных сетях. С 1975 г. и по настоящее время в Индии работает правительственная программа по охране этого вида в природе и разведении его в условиях неволи и последующей интродукции. В других странах (Пакистане) практикуется разведение крокодилов в неволе.
