Гнезда американского крокодила разнообразны по устройству, обычно они просто роют неглубокую нору, но на топких берегах могут нагребать целые курганы из земли, на вершинах которых и роют конусовидное углубление для яиц. Число яиц различно – от 10 до 60, в среднем 38–40. Порой самки объединяют свои усилия при постройке гнезда и делают общую кладку. Основной причиной гибели кладки может служить затопление во время дождей, так как от всех хищников гнездо надежно охраняют самки. Вылупляются молодые крокодильчики примерно через 3 месяца после начала инкубации. Крокодилы в разных популяциях заботятся о потомстве с разной степенью тщательности. Некоторые особи проявляют минимум заботы о кладке и новорожденных, в других случаях самец и самка очень ревностно выполняют свои обязанности и отгоняют от гнезда с кладкой или от детенышей птиц, диких кошек, енотов и крупную рыбу.
Молодые детеныши намного самостоятельнее, чем их сверстники у других крокодилов. Они молчаливы, очень редко подают сигнал опасности и предпочитают сами разрешать все жизненные проблемы. Они быстро разбредаются по участку, теряя связь как с родителями, так и с братьями и сестрами. Предполагают, что недостаточная родительская опека, ранняя самостоятельность и молчаливость крокодилов стали следствием неблагоприятных условий жизни, при которых они подвергались активному истреблению во второй половине XX в. Достигнув размера 1,5 м (в 7–9 лет), они самостоятельно роют норы, сначала небольшие, 3–5 м, но по мере роста рептилии нора ежегодно удлиняется и может достигать в длину 20 м. Норы крокодилам жизненно необходимы, в них они прячутся в холодные зимние месяцы. Американский крокодил довольно теплолюбив и при температуре воды ниже 18 °C впадает в оцепенение, а при дальнейшем понижении температуры может и погибнуть. Кладки крокодилов гибнут, если температура воздуха опустится ниже 25 °C.
В 1930–1960 гг. крокодилы истреблялись в результате охоты, поскольку кожа была признана пригодной для промышленных целей. По иронии судьбы доход от промышленного использования кожи идет на финансирование программ по восстановлению численности крокодилов в природе. Другая угроза – сокращение площадей привычных местообитаний крокодилов (прибрежные мангровые болота в Эквадоре осушаются и используются в качестве сельскохозяйственных угодий). В Никарагуа до сих пор процветает браконьерство.
Но, несмотря на свою несчастливую судьбу, американский крокодил до сих пор остается самым многочисленным крокодилом Америки (другие виды истребили практически полностью). В некоторых ареалах популяции имеют стабильную численность (Белизе и Кубе). В большинстве стран вид C. acutus находится под охраной, в 8 странах заявлены программы по восстановлению численности, но везде они работают с разной эффективностью. Так, в Венесуэле только несколько десятков крокодилов пережили бойню, в Доминиканской Республике имеет более-менее высокую численность только озерная популяция, которую постоянно обновляют за счет животных, выращенных в неволе. В США американский крокодил находится под охраной с 1979 г., а с 1984 г. действует правительственная программа, направленная на сохранение вида.
