Врагов у взрослых крокодилов практически нет, если не считать человека. Отмечены случаи нападения слонов и львов на крокодилов, совершающих переходы по суше из одного водоема в другой. А вот у молодых животных врагов предостаточно. На гнезда крокодилов или на молодых крокодильчиков, если мамы нет поблизости, нападают вараны, некоторые черепахи, птицы (марабу), гиены, мангусты, павианы. Если родители не вмешаются, хищники способны за считанные минуты уничтожить потомство подчистую.
Крокодилы в разной степени опасны для человека. Некоторые из них никогда не нападают на человека (мелкие тупорылые крокодилы, рыбоядные узкорылые крокодилы и др.), другие нападают систематически (гребнистый крокодил), третьи (нильский крокодил) бывают опасны лишь в некоторых местностях. Но степень их опасности значительно преувеличена. Определено, что за месяц в мегаполисе под колесами транспорта гибнет больше людей, чем за год во всем мире от зубов крокодила. А в настоящее время, когда большинство из этих рептилий находятся на грани вымирания, случаи нападений вообще единичны.
Нельзя забывать, что крокодилы играют важную роль в природных сообществах (биоценозах) тропических стран как хищники, регулирующие численность и состав популяций многих видов. Создаваемые некоторыми видами крокодилов искусственные водоемы и логовища используются многими видами организмов как среда жизни и убежища в периоды засух.
В последние десятилетия крокодил всячески подвергался преследованию со стороны человека по самым различным причинам. Чаще всего их добывают из-за ценной кожи, но в некоторых странах Индокитая мясо крокодилов используют в пищу. В США в 1960-е гг. (до введения запрета на промысел) ежегодно убивали до 50000 аллигаторов. В Бразилии, Перу и Колумбии с 1950 по 1970 гг. истреблено не менее 9000000000 очковых и черных кайманов. Численность природных популяций многих видов крокодилов в последние годы столь резко сократилось, что им угрожает полное вымирание. Косвенными причинами вымирания также служит нарушение среды обитания (вырубка тропических лесов, осушение болот, постройка дамб и создание систем водохранилищ). В ряде стран уже введены меры по охране природных популяций крокодилов – от ограничения до полного запрета промысла. 19 видов крокодилов внесено в Международную Красную книгу, 12 из них – на Красные листы, так как находятся на грани исчезновения.
Судя по ископаемым останкам, найденным на всех континентах, до начала кайнозоя существовало 15 семейств крокодилов, объединявших около 100 родов. Но до настоящего времени дожило не так уж много этих рептилий, которых ученые разделяют на 3 семейства. Это семейства настоящих крокодилов (
