Погром длился три дня (12–15 мая). «Мусульмане режут армян, поджигают их дома, в которых заживо сгорают и задыхаются женщины и дети; грабят армянские лавки, не щадят никого и ничего, — писало „Русское слово“ (24.5.1905). — За три дня только в одном г. Нахичевани… убито и сожжено свыше 100 армян… Число же убитых мусульман… ничтожно и определяется двумя-четырьмя жертвами. Как и в Баку, мусульмане „опасаются“ нападения армян; как и в Баку, татары оказались поголовно вооруженными, а у армян в руках ничего не было».
Одновременно началась резня и в селениях Нахичеванского уезда. «Смельчаки» из окрестных татарских сел собирались в селе, служившем как бы базой, и шли громить армянские села. Случалось, некоторые села вырезали поголовно, вместе с женщинами и детьми. Неожиданно для властей татары, ободренные безнаказанностью, начали нападать на «мешавшие» им русские войска. «В Башнорашене и Кюльтане наши войска были атакованы. В Маморзадизе напали на следователя Сидорова и доктора Бадридзе, наконец, на уездного начальника и его помощника» («СПб вед.», 4.6.1905). Дошло до того, что штабс-капитану Циновскому и помощнику уездного начальника пришлось скрываться в подвалах армянских домов (см. там же).
Тем временем страницы газет были заполнены трагическими телеграммами: «Сейчас мною получено известие, что резня армян началась в селении Джаг-ры. В село Шихмамуд собрались беглецы из ближайших деревень. Мусульмане, узнав об этом, окружили это село, и вот-вот там начнется резня» («Р.С.», 24.5.1905). «Ночью во многих местах видно зарево пожара… уцелевшее население бежит в Нахичевань, где с 16-го несколько спокойнее… убитых и раненых некому убирать, собаки съедают трупы» («СПб вед.», 19.5.1905).
В Джаграх (под Нахичеванью) татары сожгли 100 армянских домов, убили 51 армянина и ранили 13. В Тумбуле убили 20 человек и сожгли село. «У многих были метлы, облитые керосином, — рассказывал очевидец, — они подкладывали их под дома и зажигали их. Толпа кричала: „Иа Али!“, а главари призывали: „Бейте неверных, все эти земли должны принадлежать нам: они не русские, а персидские земли!“» («СПб вед.», 11.8.1905)
21 мая татары 11 окрестных деревень окружили армянское село Бадамлу Нахичеванского уезда. После перестрелки они были отбиты; однако перепуганные бадамлинцы во главе со священником решили принять мусульманство (см. там же).
Только в Александропольском уезде, где армяне составляли подавляющее большинство, стояло полное спокойствие. Газеты отмечали, что тамошние армяне отнюдь не пользуются численным превосходством, чтобы мстить татарам (см. там же).
