Определённую роль в ухудшении положения Лысенко сыграли его практические неудачи — провал работ по ветвистой пшенице, начатых ещё при Сталине, и административные просчёты — поддержка ошибочных работ О. Лепешинской.
Но, по-видимому, самым большим политическим «просчётом» Т.Д. Лысенко явилось его прохладное отношение к освоению целины, ставшей для Н. Хрущёва приоритетом сельскохозяйственной политики. Вопрос об освоении целинных земель рассматривался ещё комиссией по разработке долговременной государственной агрополитики под руководством Лысенко- Немчинова, созданной осенью 1946 года. Комиссия отметила, что распашка под пшеницу целинно-залежных земель даст лишь кратковременное увеличение урожая и будет сопровождаться неблагоприятными экологическими последствиями.[14] С точки зрения сегодняшнего дня совершенно ясно, что громадные средства, направленные в своё время на освоение целинных земель Казахстана, было бы гораздо лучше вложить в развитие традиционных сельскохозяйственных районов и русских деревень. Впрочем, врагам русского народа тогда тоже было совершенно ясно, что нужно делать всё наоборот — труд русских крестьян, рабочих и инженеров направлять куда угодно, только не на развитие России.
В 1956 году Т.Д. Лысенко был отправлен в отставку с поста президента ВАСХНИЛ. Его заменил академик П.П. Лобанов, председательствовавший на сессии ВАСХНИЛ 1948 года.
Без энтузиазма относился Т.Д. Лысенко и к «борьбе за кукурузу» — повсеместному насаждению этой культуры по личному («волюнтаристскому») решению Хрущёва.
Зато противники Т.Д. Лысенко охотно пользовались пристрастиями и капризами «нашего дорогого Никиты Сергеевича», чтобы войти к нему в фавор и повысить свой общественно-политический статус. Целинная, как и кукурузная кампании поддерживались, в основном, вейсманистами. Например, директор ВИРа П. Жуковский пропагандировал кукурузу ещё в 1955 году, напечатав хвалебную оду ей в журнале «Нева».[15]
В начале 1960-х гг. цифры развития сельского хозяйства показали его заметное снижение. Видимо, это послужило основной причиной решения Хрущёва вернуть Т.Д. Лысенко в 1961 году на пост президента ВАСХНИЛ. Хотя снова, и уже окончательно, он ушел в отставку в следующем году, однако до конца своего пребывания у власти Н. Хрущёв всё же ценил Т.Д. Лысенко и общее направление работ его соратников.
Политическими изменениями после смещения Хрущева сумели воспользоваться противники Лысенко. В 1965 г. он был снят с последнего важного поста — директора Института Генетики АН СССР. Сам институт был реорганизован в Институт Общей Генетики. Его директором стал Н.П. Дубинин
