К концу декабря вся Португалия перешла на сторону Жоана. Переворот поддержали вице-губернаторы всех провинций, кроме Сеуты. В некоторых местах провозглашение независимости наталкивалось на сопротивление кастильских гарнизонов, но это было не так уж часто и скоро прекратилось. К январю 1641 года Португалия фактически обрела независимость.
Однако до сих пор все это можно было расценивать еще как бунт в одной из провинций короля Испании. Для оформления независимости и воцарения нового короля на португальском престоле необходима была санкция государственно-правового характера. Таким актом стал созыв всепортугальских кортесов после 20-летнего перерыва. Кортесы были созваны и заседали в Лиссабоне в январе 1641 года. В качество одного из главных документов они приняли и опубликовали Манифест Португалии, составленный секретарем Жоана IV, блестящим стилистом и политиком Паишем Вьегашем. Манифест не только провозгласил Португалию суверенным государством, но и, обосновывая право на суверенитет, обвинил папскую корону в том, что Португалия утратила свои заморские владения, была втянута в чуждые ей европейские войны и конфликты, обнищала под гнетом налогов и военных поборов. Испанские короли объявлялись узурпаторами, а испанское правление – тиранией. Как и всякий политический документ декларативного свойства, предназначенный для обнародования, а не для тайного использования, Манифест в стремлении оправдать действия португальцев и пресечь попытки восстановить унию не был и не мог быть объективным.
Тем не менее, обоснованно или нет, документ вобрал в себя большинство точек зрения, выражавших недовольство существующим положением Португалии, и это позволило ему стать подлинным Манифестом сторонников независимости. Вслед ему одно за другим стали появляться сочинения врагов и приверженцев самостоятельности Португалии, искавших обоснования своим доводам и в настоящем, и в прошлом страны.
На кортесах был утвержден порядок престолонаследия, который, по замыслу его создателей, должен был отныне гарантировать стране независимость: чужеземный государь не имел права занимать португальский престол; при отсутствии потомков мужского пола трон мог перейти к дочери короля; при этом заранее отвергались возможные притязания на трон ее супруга; в случае пресечения династии государь из чужеземного королевского дома не мог надеяться на обретение португальского трона иначе, как переехав в Португалию и ни в коей мере не претендуя на объединение корон.
