Вскоре дворец Эссекса был окружен королевскими войсками. Возникла перестрелка. Наконец хозяин дворца в сопровождении нескольких друзей появился на крыше. Саутгемптон вступил в переговоры с осаждавшими, среди которых был его кузен Роберт Сидней, и попытался убедить их, что Эссекс не имеет дурных намерений против королевы, он лишь защищает свою жизнь от врагов.
Эссекс согласился сложить оружие при условии, что он и его друзья будут признаны благородными пленниками, их будут судить честным судом, а во время пребывания в тюрьме разрешат беседовать с капелланами. Лорд-адмирал не возражал. Мятежный граф сдался королевским солдатам, предварительно уничтожив свои секретные бумаги, включая переписку с шотландским королем.
Всего же было арестовано свыше 100 человек. Власти в течение некоторого времени опасались выступлений в защиту Эссекса Через четыре дня после провала заговора приближенный Эссекса капитан Томас Ли составил план захвата королевы, чтобы вынудить ее подписать приказ об освобождении арестованных. Однако Ли был схвачен и спустя трое суток приговорен к смерти.
Суд над Эссексом и Саутгемптоном, по желанию королевы, настаивавшей на скорейшем разбирательстве дела, был назначен на 18 февраля. При этом решили не упоминать о связях Эссекса ни с шотландским королем, ни с Маунтжо-ем, услуги которого в Ирландии оказались столь ценными для правительства. Членами суда были выбраны лица, равные Эссексу по титулу. Граф не имел права отводить никого из состава суда, а приговор выносился простым большинством.
Действия Эссекса и его сообщников квалифицировались как государственная измена. В свидетелях не было недостатка. Среди них – лорд верховный судья Попем, задержанный в начале мятежа в доме Эссекса. Один из заговорщиков, сэр Фердинандо Горгес, еще ранее выдавший их секреты, подтвердил на суде мятежные намерения Эссекса Показания других арестованных выявили многое из его планов. Утверждение Эссекса, что признания были сделаны из страха перед пытками, не опровергало того, что в этих признаниях излагались действительные намерения заговорщиков.
Обвинение стремилось доказать наличие заранее подготовленного заговора. Эссекс же обвинял Рэли в покушении на его жизнь, уличал Сесила в намерении за взятки передать престол после смерти Елизаветы испанской инфанте. Сесил попросил у суда разрешения «очиститься от возведенного на него обвинения». Теперь Эссекс должен был назвать имя того, кто сообщил ему об измене Сесила. Этим человеком оказался дядя подсудимого сэр Уильям Ноллис. Увы, Ноллис дал показания в пользу министра. По его словам, Сесил лишь показал ему книгу, где говорилось о преимущественных правах инфанты на английский престол.
