Заключив с восставшими шестинедельное перемирие, граф поспешил в Лондон. 28 сентября 1599 года, нарушая все придворные приличия, он ворвался в апартаменты королевы. Елизавета, сдерживая гнев, произнесла несколько благожелательных фраз, но уже вечером граф был отстранен от всех должностей, ему было предложено удалиться в лондонскую резиденцию Йорк-хаус. В течение года Эссекс находился под домашним арестом.
Елизавета долго не могла решить, как наказать строптивого фаворита. От узника Йорк-хауса она получала покаянные письма. Здоровье графа серьезно пошатнулось, Эссекс мог в любой день скончаться, в чем Елизавета удостоверилась, навестив фаворита, когда он метался в лихорадке.
Вместо Эссекса лорд-наместником Ирландии Елизавета определила его друга Маунтжоя. Тот отправился к месту назначения, предварительно договорившись с Эссексом возобновить начатую несколько лет назад переписку с шотландским королем. Целью переписки было убедить сына Марии Стюарт Якова, что партия Сесила настроена против плана возведения его на английский престол после смерти Елизаветы и что шотландский король, объединив свои силы с войсками Маунтжоя, должен двинуться на Лондон и заставить Елизавету вручить Эссексу бразды правления. Однако осторожный и недоверчивый Яков не спешил поддержать столь отчаянный проект.
Весной 1600 года Саутгемптон отправился в Ирландию с письмом от Эссекса, предлагавшего высадить армию Маунтжоя в Англии, даже если Яков предпочтет остаться в стороне. Но к этому времени изменились взгляды самого Маунтжоя. Добившись известных успехов, он, думая о своей военной карьере, решил отделить свою судьбу от участи бывшего друга и союзника. «Для удовлетворения личного честолюбия Эссекса, – заявил Маунтжой Саутгемптону, – я не намерен вступать в подобное предприятие».
В марте 1600 года Эссексу разрешили вернуться в свой лондонский дворец, хотя формально он оставался под домашним арестом В июне графа вызвали на заседание Звездной палаты, где его обвинили по нескольким пунктам. Разбирательство, состоявшееся в Йорк-хаусе 5 июня, длилось 11 часов Вердикт суда гласил: заключение в Тауэре, выплата огромного штрафа. Королева не утвердила приговор, а 26 августа Эссексу сообщили о монаршей милости. Граф был освобожден из-под домашнего ареста, но ему запрещалось появляться при дворе.
В октябре Эссекса лишили права сбора таможенных пошлин на сладкие вина – статьи дохода, которая позволяла ему содержать огромный штат пажей, слуг и приближенных. Прежде королева не раз ссужала своего фаворита солидными суммами На сей раз лицензия не была продлена под предлогом опустевшей казны. Эссекс был возмущен, о чем Сесил, осведомленный через своих шпионов, тотчас сообщил королеве.
