11 февраля 1907 г. утверждены правила „О студенческих организациях в высших учебных заведениях”, ставившие вне закона деятельность революционных организаций студентов. 9 октября состоялась студенческая сходка по поводу вынесения смертного приговора двум студентам Технического училища. В университет введен наряд полиции.
В мае 1908 г. опубликован циркуляр Министерства народного просвещения, согласно которому ректорам разрешалось допускать собрания „по поводу лишь совершенно определенных и не противоречащих академическим задачам предметов не в учебное время и не в большом числе”. Копии уставов студенческих организаций и списки их участников должны были представляться в Министерство просвещения. По распоряжению правительства отстранялись от занятий 250 женщин – слушательниц университета. В сентябре прошли сходки и забастовки, на которых выдвигались политические требования.
В 1910 г. в ходе правительственных репрессий из ста различных студенческих организаций осталось менее тридцати. Ректор запрещает проведение собраний студентов в память умершего писателя Льва Николаевича Толстого. Профессор Чаплыгин выступает в Московском математическом обществе с докладом „О давлении плоскопараллельного потока на преграждающие тела (к теории аэроплана)”. Профессором Жуковским разработана вихревая теория гребных винтов. В. К. Аркадьев закончил разработку теории процессов намагничивания в переменных полях.
3 января 1911 г. выходит правительственный циркуляр „О надзоре за учащимися высших учебных заведений”. Он направлен на окончательное уничтожение остатков демократических свобод в университете. Через неделю новый циркуляр „О временном недопущении публичных и частных студенческих заведений” запрещает проведение студенческих собраний. В ответ студенты проводят массовые сходки. Принято решение о начале студенческой забастовки. В университет по просьбе администрации введена полиция. Выходит еще один циркуляр „О максимальном сроке пребывания студентов императорских университетов на факультете”, который регламентировал время нахождения учащихся в учебных аудиториях.
28 января на экстренном заседании Совета университета ректор Мануйлов, проректор и помощник ректора подали в отставку. Следом, в знак протеста против реакционной политики правительства в отношении университета, подают в отставку около 400 профессоров и сотрудников. „Московский университет теснейшими узами связан со всей жизнью нашей страны, и живая вера в силу и мощь русского народа делает невероятной продолжительность переживаемого его разгрома.
