На рубеже 19 и 20 веков в университете обучались 4228 студентов. Преподавательский коллектив состоял из 257 профессоров и приват-доцентов. В 1901 г. в университете защищены 42 диссертации, из них 26 докторских и 16 магистерских.
14 февраля 1901 г бывшим студентом Московского университета Карповичем, исключенным из университета за участие в студенческом движении, был убит министр народного просвещения Боголепов. 22 декабря утверждены «Временные правила о студенческих учреждениях», допускавшие устройство собраний, касс взаимопомощи, библиотек и читален, научных кружков только под контролем инспекции и администрации университета.
9 февраля 1902 г. в университете состоялась общестуденческая городская сходка. В резолюции впервые сформулированы политические лозунги демократического переустройства в стране. За участие в сходке арестовано около 500 студентов университета. Летом правительство учреждает профессорский дисциплинарный суд, предоставляя ему карательные функции против студенческого движения.
27 января 1904 г. началась русско-японская война. Правительство запретило подготовку и празднование 150-летия Московского университета. Часть преподавателей университета во главе с Тимирязевым выразили по этому поводу протест.
15 октября состоялась демонстрация студентов университета, протестующих по поводу избиения студентов и курсисток, явившихся на Ярославский вокзал проводить своих товарищей в действующую армию. 9 декабря собралась студенческая сходка, в которой приняли участие младшие преподаватели и профессора, выразившие протест правительству по поводу избиения демонстрантов и действий администрации университета. Принято решение о временном прекращении занятий.
19 января 1905 г, после «Кровавого воскресенья» в Петербурге, во время которого погибло более ста человек, на заседании Совета университета принято решение о временном закрытии университета. Через двадцать дней Совет университета принял решение об открытии университета и проведении курсовых собраний с присутствием представителей администрации.
1 февраля состоялась общестуденческая сходка, на которой выработаны требования студентов о немедленном созыве Учредительного собрания народных представителей, о свободе слова, печати, собраний, союзов, стачек. В связи с тем, что «нормальный ход общественной и академической жизни в данный момент немыслим», было решено прекра тить занятия в университете до 1 сентября и объявить забастовку…”»
