19 февраля 1861 г. в России отменено крепостное право. 31 мая введены „майские правила”, запрещавшие создание студенческих организаций, библиотек и сходки. Ночью 12 октября арестованы 20 „зачинщиков” волнений. Студенты, направившиеся к дому генерал-губернатора, были разогнаны полицией и конными жандармами в ходе столкновения напротив гостиницы „Дрезден” на Тверской улице. В результате „Дрезденского сражения” пострадало и было арестовано более 300 человек, четверо руководителей движения были высланы в отдаленные губернии, 13 исключены из университета.
1 июля 1862 г. вышло распоряжение о прекращении ношения в стенах университета студенческой формы. Еще через год в ходе либеральных реформ правительства Александра II утвержден новый университетский устав. По нему должности ректора и деканов стали выборными, расширился круг деятельности Совета университета, ограничивалась власть попечителя.
„Масса всяких родов молодежи в 1861 г. устремилась в университет. Особенно из провинции, семинаристов и поляков. Форма была отменена… Ввиду большого наплыва желающих поступить в университет, – много проваливалось… К дворянам, коих обзывали аристократами,… то беложилетниками, то белоподкладчиками, тех кто щеголял, – отношение явно было со стороны экзаменаторов неблагожелательное…”
В 1864 г. при университете сложился тайный пропагандистско-террористический революционный кружок „ишутинцев”. Через два года один из его членов, Каракозов, совершит покушение на императора Александра II.
22 января 1866 г. в университете против незаконной баллотировки в должность профессора Лешкова протестует группа профессоров юридического факультета. В 1875 г. тридцать пять профессоров университета пишут открытое письмо против деятельности профессора Любимова, призывавшего к отмене устава 1863 г.
В 1877 ректором университета избран профессор Н. С. Тихонравов, который „излагал лекции удивительным по красоте и меткости чистым русским языком. Он был первоклассным оратором. Он мог держать во власти своей речи любую аудиторию и умел, когда было нужно, переломить в свою пользу настроение слушающей его толпы… Однажды, когда разбушевалась одна из студенческих «историй», многочисленная сходка, собравшаяся в актовом зале, послала за Тихонравовым, причем в этом приглашении было сказано, что требует к себе ректора, чтобы побить его. Конечно, никто и не помышлял о том, что ректор явится на такое приглашение. Просто это была выходка разъярившейся толпы. А Тихонравов взял да и явился на сходку как ни в чем не бывало.
