«12 июня 1812 г. войска Наполеона переправились через реку Неман и вторглись в Россию. Студенты Московского университета начали записываться в народное ополчение, поступать на работу в полковые госпиталя. Университет эвакуировался в Нижний Новгород. Из-за недостатка подвод в Москве пришлось оставить большую часть коллекций, имущества профессоров, библиотеку из 20 000 книг, университетский архив и даже часть казны, которые погибли во время сентябрьского пожара. При оставлении Москвы Наполеоном пострадают от взрывов, устроенных французами для уничтожения Кремля, и остатки университетских зданий.
В 1813 г. обозы с университетскими вещами и книгами, а также учениками, студентами, семьями профессоров возвращаются, и с 17 августа в наемном доме в Долгоруковском переулке занятия возобновлены.
Ввиду недостаточности содержания, получаемого в одном месте, профессорам и преподавателям разрешено в 1817 г. совмещать преподавание в других учебных заведениях. В этом же году начато восстановление здания Московского университета (главный архитектор Д. И. Жилярди). В мае попечитель Оболенский утверждает положение о вступительных экзаменах в университет. Согласно нему, производили „в студенты тех токмо, которые знают Арифметику, главные основания Всеобщей и Отечественной Истории, логики и риторики и правила российского и латинского языка, вменяя хотя не в обязанность, но в похвалу и одобрение знание иностранных языков”.
В 1819 г. утверждено „Положение о производстве в ученые степени” – первый в истории России устав, регулирующий процесс научной аттестации. Согласно этому документу определялись ученые степени, требования, предъявляемые к соискателям, правила сдачи экзаменов и защиты диссертаций. Организована кафедра „Богопознания и Христианского учения”, посещение лекций которой было объявлено для всех студентов обязательным. Через два года в университете прекращено преподавание философии. Труды профессора Давыдова в министерстве духовных дел и народного просвещения нашли „пропитанными богопротивным учением Шеллинга”.
В 1823 году Совет университета издал постановление, согласно которому студенты должны были слушать не менее восьми профессоров. Это возмутило студентов, которые хотели даже не подчиниться постановлению. Часть из них оставила университет в знак несогласия с чрезмерной, по их мнению, нагрузкой.
14 декабря 1825 на престол восходит Николай I. В восстании „декабристов” против нового императора принимают участие несколько десятков университетских питомцев.
