Спустя столетие, власти запретили, а затем и искоренили христианство, пройдя путь от восторженного преклонения до жесточайших гонений. Если вначале правители Японии даже выражали намерение обратить в христианскую веру все население страны, то впоследствии специально созданная секта пропускала через «врата очищения» всех подозреваемых в принадлежности к чужеземной религии, заставляя людей попирать ногами распятие или особые таблички с образом Христа и Девы Марии. Тех, кто упорствовал, сжигали на костре, распинали, подвергали мучительным пыткам. Кульминацией гонений явилось подавление крестьянского восстания в Симабаре (1637 г.), проходившего под христианскими лозунгами. Впрочем, углубляться в подробности значило бы лишить читателя радости первооткрывательства, ибо в романе Эндо с точностью, близкой к документальной, воспроизводятся эпизоды истории христианизации страны. Позиции и доводы противостоящих сторон ясно изложены в их теоретических диспутах. Добавим лишь, что за столетие, прошедшее с 1597 года, когда Япония содрогнулась, узнав о казни двадцати шести мучеников, распятых на холмах Нагасаки, и до 1697 года, отмеченного последней расправой над подвижниками веры в провинции Мино, в стране погибло около четырех тысяч христиан. Но и после этого христианство в Японии продолжало свое существование - в маленьких подпольных общинах, где религиозные обряды совершались в глубокой тайне. Запрет был снят только в 1865 году незадолго до Реставрации Мэйдзи1.
Причины столь резкой перемены в отношении к христианству заключались в том, что иноземное присутствие и влияние в стране стало чрезмерным. Предприимчивость святых отцов, не знавшая предела, вела к фактической колонизации Японии. Однако правительство не желало подобной участи для своей страны. Меры были приняты самые радикальные: не ограничиваясь сведением счетов с католическими падре, японцы пошли дальше, провозгласив лозунг самоизоляции. Вплоть до середины XIX века смертная казнь грозила любому японцу, который пытался покинуть пределы страны, любому иностранцу, если он ступал на ее землю. В единственной фактории, которая была оставлена в Нагасаки для связей с внешним миром, голландские купцы жили фактически под домашним арестом, в атмосфере подозрительности и страха. Ничто, даже немалые выгоды, которые сулила зародившаяся международная торговля, не поколебало решимости правительства «закрыть» страну, чтобы уберечь ее от христианской заразы. Островное положение Японии способствовало успеху политики самоизоляции.
