понял, какая возможность ему предоставляется: он по-княжески наградил посланника Аммара и направил свое войско к Томбукту. Акил, увидев конников ши Али на противоположном берегу Нигера, осознал ситуацию и, не теряя ни минуты, собрал 1000 верблюдов и бежал в Виру (Валату). Он увез с собой и мусульманских ученых.
Аммар был доволен, увидев бегство Акиля перед военным превосходством ши Али. Он послал лодки, чтобы перевезти людей сонгайского царя через реку, но, прежде чем они достигли другого берега, решил бежать и сам, очевидно, помня то надменное письмо, которое он послал ши Али за три года до этого. Бежавший вслед за Акилем в Валату Аммар передал власть в Томбукту своему брату аль-Мухтару, который и принял ши Али. Аль-Мухтар сохранял положение начальника города и под господством ши Али.
Захват Томбукту произошел в январе 1469 г., но, по данным эс-Саади, волнения, и в первую очередь преследования мусульманских ученых, продолжались до 1471 г. Арабские хронисты рисовали весьма мрачную картину преследований со стороны ши Али. Отчасти это происходило потому, что ши Али был первым черным государем, который недолюбливал учителей ислама, а ученых мечети Санкоре считал своими врагами и союзниками туарегов.
Действительно, отношение ши Али к мусульманским ученым сильно отличалось от отношения к ним Акиля. Бежав в Валату с Омаром ибн Мухаммедом Акитом, его тремя сыновьями и родственниками жены, туарегский вождь сказал по поводу мусульманских ученых, что «для него всего важнее их положение». «Тарих эс-Судан» рассказывает, что ши Али преследовал «знатоков писания и благочестивых людей, позоря их жизнь, честь и помыслы».
С другой же стороны, отношение ши Али к исламу и мусульманам выглядит по-иному: сонгайский правитель вовсе не преследовал всех мусульман. Ему приписывают слова: «Если бы не ученые, жизнь эта не была бы ни сладка, ни приятна». Но почитаемые ши Али улемы были не из тех, что занимали важные позиции в Томбукту в период властвования Акиля. Ши Али выдвигал ученых, которые были в чести, еще когда город принадлежал Мали. Ши Али назначил судьей (кади) улема Сиди абд-ар-Рахмана ат-Тамини, преемника Хаби-ба. Известно, что он чтил двоюродного брата нового судьи аль-Мамуна и имама пятничной мечети Сиди Абдаллаха Бальбали и назначил секретарем Ибрагима аль-Кади из Феса.
Современные историки дают ши Али Беру заметно более положительную оценку, чем старинные арабские хронисты. Для такой переоценки имелись серьезные основания. Но пока что остается неоспоримым, что этот правитель-завоеватель и создатель империи обращался с противниками особенно сурово, а некоторым его деяниям свойственна крайняя жестокость. В «Тарих ал-Фатташ» упоминается, например, случай, когда он наказал одну мать тем, что велел растолочь ее ребенка в ступе, после чего останки его скормили лошадям. Другой раз ши Али приказал вспороть живот беременной женщине, чтобы вырвать плод. Арабские хроники рассказывают также о многих деревнях, которые ши Али сжег вместе с их жителями, запирая их в горящих домах. Описывая уничтожение деревень и городов, хронисты редко рассматривают мотивы этих действий и не говорят о том, насколько отличалось поведение ши Али от обычных в то время актов мести, сопровождавших военные походы. По арабским хроникам, ши Али был только тираном, и все зло в государстве было его виной.
