В 70-е годы XIX в. М.М. Филиппов окончил гимназию в г. Николаеве и там же сдал экстерном курс реального училища. Затем окончил физико-математический факультет Новороссийского университета в Одессе, потом юридический факультет Петербургского университета.
После этого он стажируется в Париже у всемирно известного химика Бертелло и обучается в Гейдельбергском университете в Германии, знал несколько древних языков и все наиболее крупные европейские языки.
Научная деятельность Филиппова начинается с публикации в 1881 г. в журнале «Мысль» статьи «Борьба за существование и кооперация в органическом мире». Основными сферами научных интересов Филиппова были философия, химия, физика.
Основным его научным трудом считается двухтомная монография «Философия действительности» (1895–1898 гг.). Другое по значимости его произведение — «Энциклопедический словарь» в трех томах (в 1891 г.), большинство статей в котором написано самим Филипповым. Последний его научный труд «Судьбы русской философии» вышел после его смерти в 1904 г.
Последние десять лет своей жизни (1894–1903 гг.) Филиппов издавал журнал «Научное обозрение». В нем публиковались Д.И. Менделеев, К.Э. Циолковский, Н.Н. Бекетов, Г.В… Плеханов, В.И. Ленин. Будучи одним из первых марксистов в России, Филиппов активно проповедовал эти взгляды со страниц своего журнала.
М.М. Филиппов погиб 12 (25) июня 1903 года на одном из артиллерийских полигонов в окрестностях Петербурга во время проведения серии опытов по переносу взрывной волны на большие расстояния.
За день до смерти, 11 (24) июня 1903 года, он отправил в редакцию газеты «Русские ведомости» письмо следующего содержания: «В ранней юности я прочитал у Бокля, что изобретение пороха сделало войны менее кровопролитными. С тех пор меня преследовала мысль о возможности такого изобретения, которое бы сделало войны невозможными. Как это ни удивительно, но на днях мною сделано открытие, которое фактически упразднит войну. Речь об изобретенном мной способе электрической передачи на расстояние волны взрыва. Эта передача возможна на расстояния в тысячи километров, так, что сделав взрыв в Петербурге можно передать его действие в Константинополь. Способ изумительно прост и дешев. При таком ведении войны на расстояниях, мной указанных, война становится безумием и должна быть упразднена. Подробности я опубликую осенью в мемуарах Академии наук. Опыты замедляются необычайной опасностью применяемых веществ, частью весьма взрывчатых, частью весьма ядовитых».
