После окончания холодной войны в эпицентре интересов Перла стал Ближний Восток, где он занимал серьезные позиции в бизнесе. В 90-х годах вел мощную кампанию в поддержку Израиля. Перл вернулся в Пентагон с приходом в Белый дом Буша-младшего в качестве советника министра Рамсфельда и главы Совета по оборонной политике. Ричарда Перла считают одним из главных идеологов неоконсерваторов США.
Бросаются в глаза такие характерные черты лидеров американских неоконсерваторов, как их «переплетение» на рабочем уровне, плотное сосредоточение в Министерстве обороны и Государственном департаменте. Несомненно, их объединяет и связь с ближневосточной тематикой с явно произраильским уклоном. Ричард Перл, например, на «пересменке» между двумя периодами работы в Пентагоне даже возглавлял газету «Джерусалем пост». Он же был членом консультативного совета Еврейского центра по вопросам национальной безопасности – одной из главных в Вашингтоне лоббирующих структур в пользу правой израильской партии «Ликуд». Еще в 1996 году Перл, Фейс и Уермсер опубликовали совместное обращение к новому, только что избранному израильскому правительству, сформированному партией «Ликуд», призывая его отказаться от переговоров с палестинцами. Вместо этого они рекомендовали «сдерживание и даже отбрасывание назад Сирии», а также «сфокусироваться на отстранении от власти в Ираке Саддама Хусейна». Бывший посол Ливана в Соединенных Штатах Рияд Табара утверждал, что в августе 2002 года Перл, излагая коллегам в Пентагоне свои взгляды на американскую стратегию на Ближнем Востоке, использовал географическую карту, на которой вся Палестина была названа Израилем, Иордания – Палестиной, Ирак – Хашимитским королевством.
Неоконсерваторы сыграли особенно видную роль в выработке внешнеполитического и военного курса страны при президентстве Рейгана. Их влияние уменьшилось при Дж. Буше-старшем. После того как президентские выборы выиграл демократ Б. Клинтон, большинство неоконсерваторов ушли из структуры власти, разойдясь по исследовательским институтам и центрам. Однако нельзя считать, что произошел спад их активности. Пол Вулфовиц вместе со своим аппаратом, в котором выделялся Льюис Либби, в 1992 году выработал «Руководство по оборонной политике». В этом документе было представлено кредо неоконсерваторов: США не должны допустить появления глобального противника, такого, как СССР; для защиты своих интересов следует применять силу, не обращая внимания ни на ООН, ни даже на постоянных союзников, которые обязаны следовать за Соединенными Штатами («не коалиция определяет миссию, а миссия определяет коалицию»). Акцент в документе делался на превентивном характере единоличного применения силы Соединенными Штатами, в том числе с целью изменения не устраивающих США режимов в других государствах.
