После развала СССР и создания МВД России министр Виктор Ерин сначала создал оперативно-розыскные бюро по борьбе с организованной преступностью, а затем при поддержке секретаря Совета Безопасности Юрия Скокова преобразовал их в Главное управление по борьбе с организованной преступностью. На местах были созданы региональные управления по борьбе с организованной преступностью (РУОПы), которые не подчинялись местным руководителям МВД, УВД, а замыкались непосредственно на МВД России. Тем самым в условиях сепаратистских тенденций была выстроена силовая вертикаль, которая сыграла большую роль в сдерживании центробежных тенденций.
Эта силовая вертикаль сохранялась и укреплялась министрами Анатолием Куликовым, Сергеем Степашиным и Владимиром Рушайло.
РУОПы и их специальные отряды быстрого реагирования (СОБРы) участвовали в двух чеченских компаниях и приобрели там дополнительный опыт борьбы с терроризмом.
26 сотрудников подразделений по борьбе с организованной преступностью за эти годы стали Героями России (20 из них посмертно).
Борис Грызлов, будучи министром внутренних дел, ликвидировал РУОПы, но укрепил и создал во всех МВД, УВД субъектов Федерации управления по борьбе с организованной преступностью.
Нынешний министр МВД Рашид Нургалиев всегда был сторонником укрепления этих подразделений. По его инициативе в МВД разработана Концепция борьбы с организованной преступностью, где указанным структурам отведена главная роль.
Но 6 сентября 2008 г. подразделения по борьбе с организованной преступностью ликвидированы и преобразуются в подразделения по противодействию экстремизму и подразделения по обеспечению безопасности лиц, подлежащих государственной защите. Одновременно функции по борьбе с организованной преступностью возложены на подразделения уголовного розыска и подразделения по борьбе с экономическими преступлениями (БЭП).
Иными словами, ситуация возвращена к положению, которое существовало в 80-е годы прошлого века.
Такое решение ломает всю стратегию, организацию и тактику борьбы с организованной преступностью. Преступные организации и сообщества остаются фактически бесконтрольными. Ведь уголовному розыску и службе БЭП физически невозможно будет определить зоны ответственности, учитывая универсальный характер деятельности преступных сообществ и организаций.
В 2008 г. руководители МВД России заявляли, что они контролируют деятельность более 400 крупных преступных организаций. Именно силами подразделений по борьбе с организованной преступностью был нанесен ощутимый удар по самой мощной преступной организации страны — "Общаку", арестован за организацию рейдерских захватов лидер тамбовского преступного сообщества Кумарин-Барсуков ("ночной губернатор" Санкт-Петербурга).
