Несмотря на то, что отпор кастильскому вторжению стал делом королевской власти и принял более организованные формы, роль горожан, городского ополчения и даже крестьян в защите страны оставалась очень велика. Один из дворян, Жоан Фернандеш Пашеку, собрал в отряд горожан и крестьян Бейры. В конце мая или в самом начале июня 1385 г. они вступили в сражение с кастильскими войсками при Транкозу. Португальцы сражались только пешими, так как основной костяк их армии составляли сельские жители. Кастильцы вновь потерпели поражение.
В течение первой половины 1385 г. Хуап I готовил новую армию и флот для вторжения в Португалию. К июню 1385 г. эти приготовления были закончены. Предполагавшееся поначалу наступление через Элваш было сорвано упорным сопротивлением этого замка. Наконец, в середине дета 1385 г. на совете Хуана I было принято решение о переходе границы в районе Бейры. В августе многочисленное кастильское войско вторглось в Португалию. Оно двигалось на Коимбру, грабя и чиня жестокости. Ряд гарнизонов встретившихся на их пути замков, где преобладали сторонники Хуана, перешел на его сторону.
На совете у Жоаиа I в местечке Абрантеш 7 августа 1385 г. было решено дать кастильцам большое сражение. Португальское войско было готово к битве, несмотря на очевидный перевес кастильцев. Жоан I, желая избежать риска поражения при столь неравном соотношении сил, направил Хуану I послание, предлагая мир и дружбу при условии отказа от претензий на португальский престол и вывода кастильских войск из Португалии. Король Кастилии ответил отрицательно.
Португальская армия вышла из Томара и двинулась навстречу кастильцам. К середине августа 1385 г. обе армии находились друг против друга вблизи селения Алжубаррота, неподалеку от Лейрии. Хронист сообщает, что на совещании перед битвой, проведенном Хуаном I, в объединенном войске кастильцев и португальской знати выявилось наличие сомнений и колебаний. Однако сторонники Хуана I из числа португальских фидалгу настаивали на сражении. Для них победа была единственной и последней надеждой на отвоевание того положения в королевстве, на которое они претендовали. Если для кастильцев отказ от сражения означал бы лишь неудачную кампанию, то для их португальских сторонников это был вопрос жизни и смерти.
В войсках короля Кастилии находилось большинство португальской знати. Несмотря на письменный приказ-обращение Жоана I к фидалгу, лишь немногие из них прибыли к нему со своими отрядами. Что касается количественного соотношения сил в битве при Алжубарроте, то уже хронисту Лопешу в первой трети XV в. приходилось полемизировать с преувеличениями числа участников сражения. Лопеш отвергает мнение, будто в битве участвовало от 60 тыс. до 100 тыс. человек с обеих сторон как несостоятельное и приводит свои данные, которые в целом не противоречат последним исследованиям.
