В 1552 году в Сарагосе выходит «Всеобщая история Индий и завоевания Мексики», автором которой был испанский хронист Франсиско Лопес де Гомара, решительно утверждавший, что высокие культуры индейцев, завоеванных Кортесом и другими конкистадорами, являются остатками культуры атлантов. Правда, издание «Всеобщей истории Индий» было конфисковано и сожжено инквизицией. Испанский хронист Хосе де Акоста выступил против своих коллег, отождествлявших индейцев с атлантами. Епископ Диего де Ланда, много лет проживший в стране майя на полуострове Юкатан, с издевкой пишет о предположениях Гомары… Однако идея «атлантов в Америке» продолжает жить.
Примерно в то же самое время, что и книга Гомары, появляются «Рассуждения рыцаря сэра Хэмфри Гилберта в доказательство существования Северо-Западного прохода в Китай и Индию». По мнению сэра Хэмфри, Америка и есть та самая Атлантида, о которой писали античные авторы. А так как Атлантида, согласно Платону, остров, то и на севере Атлантики должен быть пролив, сходный с тем, что открыл на юге Магеллан. «Я считаю, что путь на северо-запад кругом Америки является наиболее подходящим для наших целей, и в этом убеждении поддерживают меня не только высказывания Платона, Аристотеля и других древних философов, но и лучшие современные географы», — писал в своих «Рассуждениях» сэр Хэмфри.
Отождествлял Америку и Атлантиду и соотечественник сэра Хэмфри, основоположник современного индуктивного метода исследования философ и ученый Френсис Бэкон, живший в конце XVI — начале XVII веков. В 1689 году французский картограф Сансон помещает Атлантиду на территории Южной Америки — в Бразилии. Спустя столетие его коллега и соотечественник Робер Вогуди издает атлас, где Атлантида также отождествляется с Бразилией.
В XIX столетии рождается новая научная дисциплина — американистика, изучающая культуры индейцев и самобытные цивилизации, существовавшие в Новом Свете до открытия Америки европейцами. Один из создателей этой науки, аббат Брассер де Бурбур, посвятивший жизнь исследованию древних цивилизаций Центральной Америки, на склоне своих дней публикует работы, в которых решительно заявляет, что цивилизации эти — наследие атлантов. В одной из рукописей индейцев майя, Мадридской, он обнаруживает карту Атлантиды, а под ней расшифровывает надпись, гласящую: «пропасть воды — кипящая лава — земля колеблется — вершина — вулкан».
В 1870 году найдена «Книга Чилам Балам», содержащая записанные латинскими буквами на языке майя пророчества и исторические сведения. В ней сторонники «Атлантиды в Америке» обнаружили текст, рассказывающий о том, как «земля сначала начала содрогаться. И упал огненный дождь, и упал пепел, и упали скалы и деревья. И Великий Змей был похищен с небес. И вот одним ударом нахлынули воды… Небеса упали и суша утонула. И в один миг великое разрушение закончилось. И Сейба, Великая Матерь, поднялась среди воспоминаний о гибели мира земли».
