Король делал вид, что действует с полного согласия папы. Тот же узнал о мастерской «полицейской» акции, проведенной Филиппом, лишь после ее свершения. Арестованным сразу же были приписаны многочисленные преступления против религии и нравственности: богохульство и отречение от Христа, культ дьявола, распутная жизнь, различные извращения. Допрос вели совместно инквизиторы и королевские слуги, при этом применялись самые жестокие пытки и в результате, конечно, были добыты нужные показания. Филипп IV даже собрал в мае 1308 года Генеральные штаты, чтобы заручиться их поддержкой и тем самым нейтрализовать любые возражения папы. Формально спор с Римом велся о том, кому надлежит судить тамплиеров, по существу же, о том, кто унаследует их богатства.
Был достигнут компромисс. Суд над отдельными тамплиерами был фактически оставлен в ведении короля, а над орденом в целом и его руководителями — в ведении римского первосвященника. Для этой цели осенью 1310 года был созван совет важных церковных иерархов, составивших специальный трибунал. Он занимал менее жесткую позицию и не прибегал к пыткам. Но если бы тамплиеры, выступавшие в качестве свидетелей по делу ордена, отказались от данных ими ранее признаний, они могли быть отправлены королевскими властями на костер как еретики, вторично впавшие в греховные заблуждения. 12 мая 1311 года 54 тамплиера, вызванные свидетелями в трибунал, были осуждены инквизиционными судами, действовавшими по приказу короля, и сразу же казнены. Это произвело надлежащий эффект — у остальных свидетелей отбили охоту отрекаться от прошлых показаний. Правда, один из них, набравшись мужества, все же заявил, что его показания были лживы и вырваны под пыткой: «Я бы признал все; я думаю, что признал бы, что убил самого Бога, если бы этого потребовали!»
Недовольный позицией трибунала, Филипп решил оказать дополнительное давление на Клемента V. Папа тем более поддался этому нажиму, что еще в 1309 году должен был перенести свою резиденцию из Рима во французский город Авиньон. Король приказал провести расследование преступлений своего заклятого врага — покойного папы Бонифация XIII, которого обвиняли в ереси, содомском грехе и других деяниях. Чтобы потушить вызванный этим скандал, Клемент V согласился окончательно пожертвовать тамплиерами. Церковный трибунал после долгого перерыва возобновил в октябре 1311 года заседания, которые продолжались до мая 1312 года.
Настойчивость короля все усиливалась. По совету трибунала папа объявил о роспуске Ордена тамплиеров, имущество которого должно было перейти к госпитальерам. Впрочем, львиная доля добычи досталась Филиппу IV. 18 марта 1314 года был вынесен приговор великому магистру Жаку Моле и еще троим руководителям ордена. Все они признали предъявленные им обвинения и были приговорены к пожизненному заключению. Однако в момент произнесения приговора Жак Моле и другой осужденный, Жоффруа де Шарпе, объявили: они виноваты лишь в том, что, пытаясь спасти себе жизнь, предали орден и признали истиной возведенную на него хулу. В тот же вечер оба по приказу короля были сожжены на костре.
