Но никогда атомистическое учение не исчезало из поля зрения естествоиспытателей. В средние века оно лишь на время отступило, оттеснённое учением Аристотеля. Учение Аристотеля было сильнее не только потому, что его поддерживала всесильная церковь, но и потому ещё, что оно было более «наглядным». Видел кто-нибудь атом? Никто! Да и невозможно было понять, как это из невидимых, неосязаемых частичек могут образовываться вещества, которые различаются цветом, запахом, плотностью и многим другим. А стихии-элементы объясняли это просто и доступно, потому что каждая стихия уже несла в себе свойство.
И вот теперь Бойль, вслед за Ф.Бэконом и П.Гассенди, обратился к атомистике и предпринял первую попытку на её основе объяснить понятие «элемент». Элементами Бойль назвал «корпускулы первого рода» (с оговоркой можно соотнести с современным определением молекулы), которые сами состоят из более мелких частиц материи (им Бойль названия не дал, но совершенно очевидно, что это атомы). Все химические превращения Бойль объяснял соединением и разъединением корпускул-элементов (по какой причине — не ясно!), каждая из которых «может быть выделена в первоначальном виде». Такими «первоначальными» элементами для него были известные к тому времени металлы, в первую очередь, конечно, золото и серебро. О существовании других элементов он ничего определённого сказать не мог — его время ещё не располагало необходимым для такого вывода теоретическим и экспериментальным материалом. Ещё не было объективных оценок веществ с точки зрения их химической простоты или сложности. Да и самому Бойлю не дано было полностью освободиться от груза традиции. Его можно сравнить с человеком, вступившим на первую, самую нижнюю ступень крутой лестницы. Куда она приведёт — неизвестно, а вот на каком она основании покоится — видно хорошо. Основание — алхимическое представление об универсальной материи, из которой состоят все тела, и вытекающее из этого представления убеждение, что «один вид металла может быть превращён в другой».
Сторонники идеи трансмутации металлов могли быть спокойны: их возлюбленной идее возрождение атомистики пока ничем не угрожало. И Бойль, и его великий современник Ньютон, принявший участие в разработке корпускулярной теории, ставили под сомнение не идею, а её «вульгарное» обоснование. Они сделали первый, но достаточно большой шаг к очищению химии и от алхимической зауми, и от алхимических чудес.
