Пока Парацельс воевал со своими врачами-недругами, он оставался несокрушим. Но он так разошёлся, что повздорил однажды с влиятельным сановником. Ссору их разбирал городской суд. Парацельс вёл себя на суде высокомерно и не рассчитал, естественно, своих сил. Над ним сгустились тучи, и ему ничего другого не оставалось, как покинуть Базель, попросту — сбежать. Так было утрачено решительно всё, чего он достиг. После долгих скитаний на чужбине он умер в Зальцбурге нищим, оставив после себя уйму легенд и версию о том, что он не умер, а его убили.
Парацельс рассматривал человеческий организм как химическую лабораторию и провозглашал, что все болезни происходят от недостатка или избытка тех или иных веществ; задача врача, по Парацельсу, в том, чтобы восстановить правильное их соотношение, введя в организм необходимые химические препараты. Химики должны заниматься не превращением металлов в золото, а приготовлением лекарств. А как готовить такие лекарства, из чего исходить? Парацельс утверждал, что все вещества получены соединением трёх начал: ртути, серы и соли, т. е. как учил Василий Валентин.
Во всём другом Парацельс не выходил из круга обычных для алхимии представлений, писал привычным для алхимиков языком. Он утверждал, в частности, что в желудочно-кишечном тракте обитает некий «верховный дух Архей», управляющий жизненными процессами, отделяющий полезное от вредного, противодействующий отравлению, регулирующий пищеварение. Если, говорил Парацельс, заболевает сам Архей, то работа организма нарушается, и тогда соблюдение равновесия между нужными веществами может и не оказать ожидаемого действия.
И совсем не по склонности к хвастовству, а как истый алхимик он уверял, что знает секрет приготовления философского камня и демонстрировал «превращение железа в медь», погружая нож в раствор медного купороса. А в одном из своих сочинений он писал: «Знайте, что все семь металлов рождены из троякой материи, а именно: из Меркурия, Сульфура и Соли, однако они отличаются друг от друга и имеют особую окраску. Таким образом, Гермес сказал вполне правильно, что все семь металлов произведены и смешаны из трёх субстанций; подобным же образом из этих субстанций составлены тинктуры и философский камень…»
Полемика, вызванная Парацельсом, не ослабевала и после его смерти. Но дело своё Парацельс сделал: химия из душных монастырских келий перекочевала в аптеки, которые до этого времени представляли собой не более чем склады различных кореньев и вытяжек. Её стали изучать на медицинских факультетах университетов. Долгое время основным учебным пособием служил обширный курс, составленный натрохимиком Андреасом Либавием. Этот труд, названный «Алхимией», Либавий написал в значительной части на основе собственных наблюдений и исследований. Он дал развёрнутые характеристики известным к тому времени веществам, привёл способы их получения, рецепты приготовления различных лекарственных смесей. Предложил даже проспект химической лаборатории, иллюстрированный чертежами, сопровождаемый сведениями о химической посуде, аппаратуре, нагревательных приборах. Как и следовало ожидать, трансмутацию металлов этот учёный считал реальным процессом. В частности, именно этим он объяснял осаждение меди из раствора на железных предметах.
