И в это же самое время другая часть алхимиков неуклонно прокладывала путь прямому научному эксперименту. Беспорядочно перетирая, смешивая, сжигая, растворяя, перегоняя вещества, подвергая свою жизнь опасности (не раз случалось, что лаборатории взлетали на воздух), алхимики добывали знания, которые подготовили рождение химии как науки. Конечно, всё это они делали ради одной и той же цели — найти способ превращать металлы в золото. Р.Бэкон так определял эту цель: «Алхимия есть непреложная наука, работающая над телами с помощью теории и опыта и стремящаяся путём естественного соединения превращать низшие из них в более высокие и более драгоценные видоизменения. Алхимия научает трансформировать всякий вид металла в другой с помощью специального средства».
На какую же теорию опирались алхимики? В основе своей она мало чем отличалась от той, которую когда-то предложил Аристотель и которую слегка подправили и видоизменили арабы. Главным было прежнее положение, согласно которому золото — самый совершенный металл. В нём природа выразила своё постоянное стремление к идеалу. Другие металлы — просто «недоработка» природы, ей помешали какие-то причины довести дело до конца.
В XIII в. большим авторитетом для алхимиков был Альберт Великий. Как и арабские алхимики, он учил, что металлы — это соединения из ртути и серы, т. е. состоят из тех же абстрактных начал металличности и горючести. Но поскольку эти два начала не передают полностью свойств металлов, то, по мнению Альберта Великого, в состав металлов должны входить ещё вода и мышьяк. О превращении металлов друг в друга можно судить по изменению цвета: ртуть окрашивает металл в белый цвет, сера — в красный, мышьяк — в жёлтый. Присутствие воды в металле придаёт ему плотность.
Прозвище «Великий» этот бывший профессор богословия в Кёльне и Париже, а также бывший епископ Регенсбургский заслужил своими многочисленными сочинениями и большими познаниями в науках. Отказавшись от духовной карьеры и сняв с себя высокий сан епископа, он поселился в монастыре и провёл множество опытов, которые описал в своих естественнонаучных трактатах. Конечно, наивно было бы ожидать, чтобы этот богослов, всю жизнь боровшийся против материалистического истолкования идей Аристотеля, стал последовательным естествоиспытателем: в его трактатах наряду с непосредственными наблюдениями немало фантастического в духе библейских легенд.
Многие алхимики считали, что легче всего превратить в золото ртуть — ведь в ней больше всего металличности, т. е. той самой абстрактной ртути, которая была основной составной частью золота. «Я превратил бы море в золото, если бы оно было из ртути!» — убеждённо заявлял алхимик Раймонд Лулл.
