Сложности отношений между братьями, возникшие из комбинации обстоятельств и темпераментов, усугубились стараниями двух очень разных людей: Госиракава и Кадзивара-но Кагэтоки. В год, когда Тайра потерпели окончательное поражение, правящим императором был мальчик пяти лет от роду, и влияние, еще сохранявшееся в императорской семье, исходило от Госиракава, который со времени своего короткого правления около тридцати лет назад, создал себе довольно весомый авторитет в столице, проживая там в качестве императора, отошедшего от дел (или отрекшегося). Неуклонное возвышение военного сословия делало его положение весьма и весьма шатким, однако Госиракава был умным человеком, привыкшим к интригам и тайным ходам и, хотя последние признаки реальной власти двора быстро исчезали, ему удавалось оставаться наплаву в период бурных перемен. Не располагая никакой военной силой, он был вынужден вести себя очень осторожно с военным сословием. Политика его в отношении различных предводителей, боровшихся за главенствование, была непостоянной, а временами — постыдной, однако, во избежание конфронтации с военными, двор не имел ни сил, ни желания рисковать. В делах с победившими Минамото бывший император извлекал выгоду из раздоров в этом постоянно ссорившемся клане, стравливая одних его членов с другими и надеясь, что в конечном итоге ему удастся оказаться на стороне победителя, или, по крайней мере, сохранить некоторое влияние в этой сложной расстановке сил. Без сомнений, именно в русле такой политики, после битвы при Итинотани и снова — после последнего сражения при Данноура — он решил сам наградить Ёсицунэ, полностью сознавая, что такая беспрецедентная честь спровоцирует гнев Ёритомо и сохранит натянутость в отношениях двух лидеров Минамото.
Отошедший от дел император, похоже, совершенно искренне привязался к Ёсицунэ за время, пока тот проживал в столице; не исключено также, что он считал этого, несколько наивного генерала, меньшей, по сравнению с Ёритомо, угрозой для двора, — тот в своей новой камакурской ставке планировал изменение структуры власти в Японии и низведение двора до положения полного бессилия. Вероятно, так рассуждал Госиракава, когда в конце 1185 года он согласился назначить Ёсицунэ главным управляющим всеми поместьями на острове Кюсю и возложить на него задачу «серьезно наказать» своего старшего брата, как врага двора. Как бы ни были запутаны мотивы такого поступка бывшего императора, несомненно, что именно его махинации после падения Тайра явились одним из главных факторов разрыва между братьями и сыграли важную роль в событиях, приведших к падению Ёсицунэ. Поддержка бывшего императора не была долговременной: как только Ёсицунэ превратился в беглеца, Госиракава отменил свое раннее указание, объявив, что оно было дадено против его воли, и поручил теперь старшему брату «серьезно наказать младшего».
