Локк был вынужден скрываться в Гааге.
В это время Локк узнал, что Дамарис Кудворт вышла замуж за вдовца из Северной Англии по имени сэр Френсис Мешэм. Трудно понять, что в действительности чувствовал Локк в этот момент.
Он любил Дамарис, как, возможно, не любил ни одну женщину за всю свою жизнь. Тем не менее он, вероятно, отдавал себе отчет в том, что слишком болен, стар и зациклен на своей науке, чтобы быть хорошим мужем для девушки, которая более чем в два раза моложе него. Но, развивая свою философию, Локк осознал, что мы учимся не благодаря нашему разуму, а благодаря опыту. У него никогда раньше не было подобного опыта, и, смею предположить, этот факт очень больно задел его чувства, хотя он этого и не показывал.
В 1685 году Карл II скончался, и на трон взошел его брат-католик Яков II, что подтвердило худшие опасения Шефтсбери. Тем временем Локк сконцентрировал все силы на своей философии.
К этому времени он уже завершал труд «Опыт о человеческом разумении». Открывает его замечательное «Письмо к читателю», которое описывает работу как «развлечение в мои свободные и трудные часы. Если этому сочинению выпадет счастье стать тем же для твоих часов и ты при чтении получишь хотя бы половину того наслаждения, которое я испытал при написании, ты так же мало будешь считать плохо потраченными свои деньги, как я свой труд». Философия, изложенная в этом труде, была такой же гуманной и фундаментальной, как и любая другая философская система, созданная после Декарта. Правда, она не была такой же глубоко оригинальной, как работа Декарта, но именно Локк определил дальнейшее направление развития философской мысли — английский эмпиризм, впоследствии благодаря которому Кант создал величайшую философскую систему, которая, в свою очередь, взрастила причудливую философию Гегеля и закономерное недоверие к каждой из систем, испытываемое всеми, за исключением марксистов.
Согласно Локку, у нас нет никаких врожденных идей, таких как представления о Добре и Зле, Боге и т. д. Несмотря на это Локк твердо верил в Бога. Декарт иногда подвергал это сомнению;
Спиноза обошел эту проблему, превратив в Бога все; Лейбниц, возможно, не верил в Бога, хотя и делал вид, что верил. Но Локк был непоколебим в своей вере, несмотря на то, что на самом деле в его философии нет места Богу. «Ум постигает только то, что сначала было воспринято чувствами». Мы начинаем с tabula rasa (чистого листа бумаги). Человеческое знание происходит из внешнего опыта и рефлексии (термин Локка для интроспекции), которая позволяет нам увидеть, что происходит в нашем разуме. Мы используем разум, чтобы из этого опыта делать выводы. Подобным образом мы приходим к обобщению, законам и математическим аксиомам.
