Чешский терьер, также как и бедлингтон-терьер, рождается темным, черным или темно-коричневым, отметины соответственно стандарту допустимы. В возрасте двух-трех месяцев у него появляется длинная и более или менее волнистая шерсть. У черно окрашенных особей шерсть приобретает буроватый оттенок и у корней волос она светлее. Коричневая шерсть у корня также более светлая. Шерсть чешского терьера оформляется стрижкой, причем следует учитывать время года или необходимость защиты тела собаки при работе. Первая стрижка щенка проводится в возрасте 3—4 месяцев. Шерсть можно стричь обыкновенными ножницами, потому что вызванные стрижкой «ступеньки» положительно влияют на желательную волнистость новой шерсти. Стрижку лучше всего начинать от конца хвоста и затем идти по спине и бокам туловища по направлению к голове. Хвост и вокруг анального отверстия следует остричь коротко. Удлиненная шерсть на ногах и на нижней части живота оставляется в натуральной длине и укорачивается лишь в том случае, если она чрезмерно длинна, или если это диктуется эксплуатационными соображениями. Шерсть на животе не должна быть чрезмерно длинной и ее длина регулируется так, чтобы туловище собаки было цилиндрической формы.
Грудь спереди и горло нужно остричь совсем коротко, также как голову и уши. На голове следует оставить сравнительно длинные брови (предохраняющие глаза). На верхней и нижней челюстях (т. е. на лицевой части головы) оставить бороду, которая не должна быть чрезмерно длинной, и придать голове кирпичеобразную форму. Нижняя челюсть подстригается по направлению от горла к уголку рта.
Новая шерсть отрастает до выставочной кондиции в течение 1,5—2 месяцев, но в скорости отрастания шерсти существуют индивидуальные различия. После стрижки черные и коричневые чешские терьеры имеют уже более светлый окрас. Оттенок окраса шерсти может быть различным. Встречаются собаки светлые и даже серебристые, а также сравнительно темные серовато-синие собаки. Некоторые утрачивают интенсивность пигментации быстрее, иные же очень медленно и становятся серовато-голубыми в возрасте двух и более лет. Светлые особи бывают светлее и в молодом возрасте.
Зимой или в период плохой погоды чешские терьеры могут оставаться нестриженными. Интересно, что качество шерсти (волнистость, структурность) тем лучше, чем чешский терьер старше.
