Порочными считаются очень короткая шерсть без подшерстка, мягкая, волнистая или курчавая, позволяющая подозревать влияние других пород собак.
Известно, что шерсть у овцы плохой проводник тепла. В то время как наружные части ворсинок нагреваются до 60—70°C, нижние части сохраняют температуру чуть ли не вдвое ниже. Такие же защитные функции должна выполнять и шерсть у среднеазиатской овчарки, поэтому требования к шерстному покрову предъявляются высокие. Кроме того, зимой, когда дуют сильные ветры, густой подшерсток должен защищать животное от замерзания кожи.
Стандартом указаны следующие окрасы: белый, черный, серый, палевый, рыжий, бурый, тигровый, пегий и пятнистый. Если посмотреть описания собак, сделанные на выставках, то встретим еще большее разнообразие окрасов. У собак на белом фоне очень часто встречается крап, причем у одной собаки он может быть разного цвета.
Еще С.Н. Боголюбский наблюдал самые разные окрасы. И в наше время пары в этой породе подбираются без учета окраса. В 1906 году К.П. Кишенский в книге «Ружейная охота с гончими» писал, что одномастность служит доказательством установившейся породы. Он отмечал, что эта примета второстепенная и есть породы, в которых собаки бывают двух или нескольких мастей, объясняя разномастность тем, что при выводе этой породы при подборе производителей не обращали внимание на их окрасы.
При белом окрасе обязательно должна быть темная мочка носа, чтобы не допустить в разведение возможных альбиносов. Безусловно желательными окрасами являются палевый, черно- и рыже-пегий, пятнистый, придающие особую красоту среднеазиатской овчарке.
Необходимо различать пегий и пятнистый окрасы. Пятнистым называется окрас, когда на белом фоне расположены отдельные цветные пятна. Пегим считается окрас, когда на основном цветном фоне в точках депигментации появляются белые пятна. Точки депигментации располагаются на груди, на пальцах всех лап, на морде, на загривке, на кончике хвоста собаки. Каждая точка депигментации возникает самостоятельно и является изолированной.
Спаривания пегих собак друг с другом увеличивают площади пятен депигментации, пятна сливаются друг с другом, образуя большие белые участки.
При пегом окрасе белые пежины образуют проточину от мочки носа до затылочного бугра, белый ошейник, сливающийся с белой грудью, белые ноги до локтей и скакательных суставов, белый хвост.
Помимо точек депигментации у собак имеются и наиболее устойчивые площади сохранения пигмента. Это область глаз, ушей, основание хвоста, полоса спины вдоль позвоночника. Пока порода находится на уровне примитивной и разводится методами народной селекции, трудно требовать единообразия окрасов. При заводских методах разведения в каждом клубе возникают какие-то излюбленные окрасы. Так, например, в С.-Петербурге для лучших потомков Алтая типичен палевый окрас.
