К общей кампании травли Везалия присоединилась и церковь. Сама по себе критика анатомии Галена, принятой церковью, вела к подрыву ее авторитета. Кроме того, в сочинении Везалия были отдельные места, непосредственно затрагивающие каноны христианства. Например, согласно библейской легенде о происхождении людей, первого человека, нашего прародителя Адама, бог слепил из глины, из праха земного, а для создания Евы ему почему-то понадобился более качественный материал – Адамово ребро. Следовательно, у Евы был полный набор ребер – по 12 штук с каждой стороны груди, а у Адама 23, на одно ребро меньше. Согласно представлениям церкви, аналогичное число ребер имеют все потомки Адама и Евы, мужчины – 23, женщины – 24. Между тем Везалий утверждал, что, исследовав скелеты десятков людей, он не встретил ни одного мужчины с меньшим числом ребер, чем у женщин.
Еще более принципиальным был вопрос о существовании в организме человека особой косточки, которая не горит в огне, не подвержена тлению и вообще не может быть уничтожена, так как предназначена всевышним для того, чтобы с помощью таинственной силы в день страшного суда человек мог воскреснуть и предстать перед господом богом. Естественно, ничего подобного Везалий не обнаружил, но, отлично понимая, насколько опасно дразнить инквизицию, заявил, что решить вопрос о существовании косточки должны богословы.
Несмотря на то, что Везалий был осторожен в формулировках, стараясь по возможности не вызывать раздражения богословов, обстановка вокруг него накалялась. Церковь, вначале просто присоединившаяся к травле, постепенно брала дело в свои руки. Везалий правильно оценил, чем ему это грозит, и покинул некогда гостеприимную Падую. Оставив университет, он отправился в Брюссель, где тогда находился двор Карла V. Незадолго до этого Везалий получил от императора приглашение занять место придворного лекаря. Карл беспрерывно воевал с Францией, которую поддерживал папа, а потому так своеобразно отреагировал на жалобу французского ученого и действия католической церкви.
При дворе Карла V Везалий находился в полной безопасности, зато с наукой пришлось покончить. Здесь для этого не было необходимых условий. Единственным светлым моментом стало второе издание его анатомического трактата. Наученный горьким опытом, он посвятил его «божественному», «величайшему», «непобедимому императору», а изданное чуть позже «Эпитоме», извлечение из этого труда, – «светлейшему принцу Филиппу, наследному сыну божественного Карла V, великого и непобедимого императора».
