Окончив коллеж, Сервет стал читать лекции по географии, математике и астрономии, но вскоре был отстранен от преподавания за изложение собственного мнения по затрагиваемым вопросам. Ученому пришлось расстаться с Парижем и отправиться на юг. Обосновавшись во Вьенне, Сервет занимается врачебной практикой, а ночами работает над большим трактатом «Восстановление христианства». Книга была опубликована анонимно. На обложке вместо имени автора стояли лишь его инициалы: М.С.В. В книге доказывалось, что Христос вовсе не бог, а всего лишь человек – основатель новой религии. Были в его трактате и другие «грешки»: Сервет в каких-то деталях подправил Галена, не согласившись с его представлениями о кровообращении в легких.
Может быть, инквизиции и не удалось бы догадаться, кто скрывается за инициалами М.С.В., но Сервета выдал глава протестантской церкви в Женеве Кальвин. К нему попал один экземпляр книги (утверждают, что послал ее сам Сервет), и Кальвин сразу понял, кто автор. Он был знаком с Серветом еще в ту пору, когда тому приходилось скрываться от католической церкви. Тогда им не раз случалось вступать в ожесточенную дискуссию по богословским вопросам, а позже обмениваться письмами, доверяя свои доводы бумаге.
Протестанты, в том числе кальвинисты, выступали не против христианской религии, а главным образом против порядков, царивших в католической церкви, против извращения ею некоторых принципов христианства. Кальвин гневно осудил инквизицию, но сам был еще менее терпим к любому инакомыслию. Книга Сервета, где, кстати, критиковался и он сам, вызвала его гнев. Он не мог дотянуться до автора, находившегося в другой стране, и не мог снестись непосредственно с руководством католической церкви, но выход был легко найден – Кальвин написал во Францию анонимный донос, и инквизиция тотчас отправила Сервета в тюрьму.
Следствие длилось долго, но не сломило Сервета. Когда стало ясно, что участь его предрешена, ему удалось бежать. Ближайшая граница была швейцарская. По другую ее сторону власть католической церкви кончалась. Беглец надеялся, что в Женеве он будет в полной безопасности – он ведь не знал, что его арестовали по доносу Кальвина, но вскоре ученый был опознан, схвачен и следствие по его делу возобновлено, но уже кальвинистами.
Французская инквизиция была в бешенстве. Ей пришлось судить Сервета заочно. Книгу и ее автора приговорили к сожжению, правда, Сервета пришлось заменить куклой. В июне 1553 года костер пылал на одной из площадей Вьенны, а 27 октября по решению консистории, протестантского варианта инквизиции, в Женеве на холме Шампель, обычном месте казней, сожгли и самого Сервета. Вместе с ученым еще раз сожгли и его книгу. 350 лет спустя здесь же, в Женеве, недалеко от того места, где когда-то находилась гостиница, в которой был схвачен Сервет, кальвинистская церковь установила ученому памятник.
