В 1788 году Шелихов с одним из Голиковых прибыл в Санкт-Петербург, где обратился к императрице Екатерине II с прошением о создании единой компании на Аляске и просил ссуду в 200 тысяч рублей сроком на 20 лет. Но по совершенно непонятным причинам в прошении было отказано, хотя императрица и пожаловала первооткрывателям медали и грамоты и наградила золотыми шпагами. Но это решение не только не убавило энтузиазма Шелихова, а наоборот, подстегнуло его. Он хотел доказать свою правоту императрице. Русские более активно стали исследовать Аляску и Алеутские острова, зарывая в приметных местах доски с российским гербом и надписью: "Земля Российскаго владения".
Случай свел Шелихова с каргопольским купцом Александром Андреевичем Барановым, человеком недюжинных способностей и большого ума. В августе 1790 года в Охотске они заключили между собой договор, по которому Баранов по существу становился главным правителем большей части русских колоний на Аляске. В течение 1791 - 1793 годов Баранов обошел почти все владения компании и на острове Ситха заложил столицу Русской Америки - город Ново-Архангельск. Затем он создал адмиралтейство, в котором уже в 1794 году спустили на воду первое судно "Феникс". А вскоре компания имела собственную флотилию, занимавшуюся географическими исследованиями, промыслами и охраной владений на Аляске и на Алеутских островах.
Вскоре Баранову удалось объединить усилия всех промысловиков Русской Америки. Оставалось только закрепить монополию императорским указом. Но последовал он только после смерти Екатерины II. В 1797 году император Павел I вначале поддержал идею создания на Аляске единой колонии, а в следующем году подписал указ о создании Российско-Американской компании. Были утверждены ее гербовая императорская печать и флаг.
К этому времени стараниями Баранова было обустроено множество селений, организованы десятки экспедиций и составлены карты Аляски, Алеутских и Курильских островов и даже предпринимались попытки исследовать Сахалин и Амурский лиман. В 1795 году Баранов впервые провел на Аляске перепись населения. Жителей оказалось не так уж и много. Их было всего 6206 человек. В следующем году на острове Кадьяк была освящена первая русская православная церковь. В целом это был период становления, а затем расцвета Русской Америки. За полезные для России труды император наградил Баранова в 1802 году золотой медалью на Владимирской ленте.
С восшествием на престол императора Александра I в Российско-Американской компании разрешалось служить офицерам морского ведомства. А весной 1803 года пришло известие о назначении Баранова главным правителем Российско-Американской компании, хотя формально таковым он являлся с первых дней своего пребывания на Аляске. К этому времени большая часть Аляски уже была обследована и обжита, а сама компания имела настолько прочные позиции, и ее авторитет был настолько высок, что император Александр I приобрел 10 акций этой компании, а по 2 акции купили вдовствующая императрица и брат царя великий князь Константин Павлович.
