В средневековье Месопотамия пережила период нового подъема. Одновременно с захватом страны магометанами сюда из Дамаска был перенесен главный центр ислама. Халифы сделали своей столицей Багдад, пышность, совершенство архитектуры и сказочное очарование которого стали легендарными.
Позднее страну захватили турки под предводительством сельджуков. Они создали Великую багдадскую империю, но внешне мало что изменилось в этом краю. Сеть каналов и речных шлюзов сохранилась в целости, несмотря на бурные, трагические события, и земля продолжала давать богатые урожаи. И только целый ряд грабительских нашествий монголов во главе с Хулагу и Тамерланом превратили страну в пепелище. Была разрушена система каналов, и земля, лишенная живительной влаги, перестала родить, высохла и потрескалась под палящими лучами солнца и, наконец, превратилась в море сыпкой, летучей пыли… Цветущий край стал пустыней с загадочными курганами; по безбрежным степям бродили кочевые племена.
С тех пор на многие века люди забыли о существовании древней Месопотамии. Однако время от времени сюда прибывали путешественники из Европы. Именно они рассказывали о таинственных холмах, возвышающихся среди безмолвной равнины. Вокруг курганов гуляли черные бури, заметая их подножия желтым сыпучим песком. Бедуины, пасущие своих верблюдов, не имели ни малейшего понятия о том, что представляют собой эти странные холмы. Правда, кое-где на пригорках в беспорядке валялись куски кирпичей, черенки посуды и фрагменты базальтовых рельефов, но нигде не было видно остатков крупных строений, которые указывали бы на богатое прошлое страны. Не возвышались здесь, как в Египте, колонны, обелиски, сфинксы, пирамиды и каменные гробницы царей или, как в Греции и в Италии - руины храмов, статуи богов, арены и амфитеатры. История Месопотамии лежала под толстым покрывалом пустыни.
Первым в Европе описал путешествие в Месопотамию датчанин Карстен Нибур. По поручению датского короля Фредерика V Нибур организовал научную экспедицию на Ближний Восток. Однако закончилась она трагически. Не прошло и года, как все участники путешествия погибли от истощения и инфекционных заболеваний. В живых остался только Нибур, он один провел всю работу, которая возлагалась на целую экспедицию. Его книга «Путешествие по Аравии и соседним странам» (т. 1, 2, 1774 - 1778 гг.), представляющая собой добросовестное описание края, людей и найденных следов древних цивилизаций, долгое время являлась единственным источником знаний о Ближнем Востоке. Наполеон во время экспедиции в Египет постоянно имел ее при себе
